西安交通大学第二附属医院感染科创建于1962年，为博士学位授予点，国家临床药物试验基地，陕西省慢性肝病研究分中心，亚太肝病联盟陕西省理事长单位，国家住院医师规范化培训基地，国家肝癌规范诊疗试点单位。
学科2010年起与牛津大学医学院感染与免疫中心建立合作，2015年与斯坦福大学建立交流合作，现学科有病毒性肝炎诊断与治疗组、发热待查及复杂感染组、人工肝组、肝硬化组、重症组、肾综合征出血热组，非肝炎传染病及新发传染病组，以及微创治疗组等临床亚专业组。
科室目前有医师25人，其中教授、副教授11人，博士学位11人，硕士学位7人。医疗影响力辐射甘肃、山西、河南、宁夏、江苏、东北、新疆等10余省及自治区，每年接受省内外转诊、疑难危重病人1000人次以上，是西北地区最大的收治各种感染/肝病疾病的综合医疗中心之一。目前年门诊量10万人次以上，住院部现有开放床位112张，年收治病人2500余人次。