南充市中心医院感染病科始建于1951年，2004年6月获批成立川北医学院第二临床学院传染病教研室。一直承担本市突发公共卫生事件临床救治任务。是目前省市艾滋病、耐多药结核病等定点医院业务承担科室，南充市感染性疾病质量控制中心、南充市艾滋病质量控制中心、南充市医师协会感染医师分会挂靠科室。科室现有病床54张，医生14人，护士20人。主任医师（教授）3人，副主任医师（副教授）5人，主治医师3人，住院医师3人，其中硕士8人，副主任护师1人，主管护师5人，护士14人。科室目前设立艾滋病、结核病、肝病感染性疾病三个亚专业组。各专业组骨干成员均经过国内相关专业顶尖医疗机构学习进修。对艾滋病预防、职业暴露处置和各种机会性感染的治疗；对各种结核病和耐药结核病的诊断和精准治疗；对各种肝病（病毒性肝炎、药物性肝损害、酒精性肝病、非酒精性脂肪肝等）和不明原因发热及各类感染性疾病的诊治均达到国内同级医院先进水平。对肾综合征出血热的诊断和治疗达国内领先水平。为了满足临床需要，科室先后开展了腹水浓缩回输、血浆置换、肝组织学检查及纤维支气管镜相关检查和治疗、合作开展基因检测（分子生物学）等实用技术，极大提升了对各类结核病、疑难和重症肝病及各种感染性疾病精确诊断和治疗能力。科室长期接受陆军军医大学、川北医学院、西南医科大学、南充卫校等医学院校学生的临床见习、实习和下级医院人员的进修培训及住院医师规范化培训任务，培养了大批合格的医务人员。科室在进行临床诊疗、教学同时，积极从事科研工作，科技成果硕果累累，获省市科技进步奖30多项，取得国家专利近10项，国内外公开发表学术论文数百篇。