四川大学华西医院胃肠外科作为独立亚专业成立于1978年，作为华西医院最早成立的外科亚专业科室之一，是教育部国家重点学科、国家卫计委临床重点专科、我国胃肠外科疑难疾病诊治中心、卫生部内镜专业技术普通外科培训基地及中国医师协会腹腔镜外科医师培训学院所在地。

现有国家有突出贡献专家、长江学者特聘教授1人，博士生导师3人，硕士生导师5人，教授5人，副教授3人，主管护师10人。现任学科主任周总光教授，科室行政主任杨烈教授，党支部书记兼副主任王永教授，病区护士长文曰、卢春燕。现有床位82张。

科室设胃肠肿瘤、结直肠肿瘤、减重代谢外科、疝与腹壁外科、胃肠良性疾病等亚专业，胃肠道疾病的外科手术治疗是中心的主要工作任务。华西医院胃肠外科长期致力于胃肠外科创新手术的探索与实践，旨在用最小的创伤、最好的手术效果为胃肠外科患者服务。