武汉市第三医院感染科于1994年建立。根据《中华人民共和国传染病防治法》《卫生部关于二级以上综合医院感染科建设的通知》精神，建立相对独立的呼吸道发热门诊、肠道门诊、肝病门诊，2006年设置艾滋病自愿咨询门诊。科室划分清洁区、潜在污染区、污染区，三区划分明确，相互无交叉，与普通诊室相隔离，通风良好，有明显标识。门诊内设置独立的挂号收费发药室、检验室、放射检查室、呼吸道发热门诊设置发热诊疗室及隔离病房。肠道门诊内污染区主要包括肠道病人诊疗室、观察室。肝病门诊内污染区主要包括病人诊疗室、输液室；感染科设置独立的肠道专用厕所及呼吸道发热专用厕所。目前有医务人员6人，其中主治医师3人，主管护师1人，护师1人，护士1人。主要负责就诊患者的传染病筛查、预警、防控和感染性疾病的诊疗工作。科室实现对传染病的早发现、早报告、早治疗，及时控制传染病的传播，有效救治感染性疾病，感染科设立应对突发事件预案、传染病紧急应急预案、传染病暴发流行预案。对发现的传染性疾病患者进行明确诊断，治疗呼吸道及肠道传染性疾病，及时上报、控制疫情，及时控制传染病的传播，有效救治感染性疾病。