吉林大学第二医院呼吸内科的现任学科带头人为马忠森、张捷教授，张捷现为中华医学会呼吸分会、疾病预防与控制分会全国委员。呼吸内科是中华医学会呼吸分会历届委员单位、中国医师协会呼吸分会历届常委单位、国家卫健委首批国家临床重点建设专科、吉林省唯一的呼吸病研究所（1982年成立）、首批呼吸专业国家临床药物试验机构（2004年批准）、东北三省首家肺功能培训基地、国家呼吸疾病临床研究中心分中心、核心单位、是东北三省唯一荣获《国家疑难重症诊治能力提升工程建设项目（呼吸系统方向）》单位，引领省内的呼吸介入、呼吸重症、肺功能评估、肺血管介入新技术，应用于呼吸急危疑难重症和常见多发病的鉴别诊治、康复和预防。学科由肺癌与肺结节、呼吸介入、肺间质病、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、呼吸重症、肺栓塞与肺血管病、呼吸康复、睡眠呼吸障碍、感染、肺功能11个学组组成。现开放床位83张，现有医护技人员99人，博士22人，博士生导师5人，国家级专业学组委员9人。年门诊量近4万人次，年出入院人患者及住院患者4000余人次，年气管镜介入操作检查患者6000余人次，年肺功能检查9000余人次。基于呼吸介入新技术在疑难危重呼吸疾病精准诊治的创新性研究，荣获吉林省科技进步一等奖。在国内率先建立了肺部小结节及疑难危重病例早期定性、定位体系；在国内率先建立了疑难重症呼吸病的系列化、精准化和个体化介入技术治疗体系；省内唯一基于呼吸介入技术建立了临床标本和信息数据库。