南京医科大学第二附属医院小儿外科，始建于1984年，是省内三级甲等综合性医院为数不多的专业治疗各种小儿外科疾病的科室。经过近三十年的发展，在几代人的不懈努力下，专业队伍逐渐壮大，技术水平不断提高，现已发展成为集临床医疗、科研、教学于一体的省级临床专科。
具体的亚专业包括小儿普通外科、小儿心胸外科、小儿泌尿外科、小儿骨科、小儿整烫外科、小儿神经外科以及新生儿外科。今天，在建设“学习型专科”的理念指导下，凭借南京医科大学雄厚的人才资源和基础力量，我们有信心把本专科建设成成为一个学科门类齐全、技术一流、设备完善的现代化省级小儿外科诊治中心，力争在新的世纪里以“一流的技术与设备、一流的服务与理念、一流的环境与管理”服务于全省乃至全国的患儿朋友们。
本专科现有医护人员28名，其中高级职称医师3名，博士1名，硕士3名；1人担任江苏省医学会小儿外科分会委员；并有一批专业素质高、业务能力强的专科护理队伍。目前常规开展各种小儿外科常见病、多发病的手术治疗，对部分疑难杂症也有一定的深入研究。
术中内窥镜在儿童多发性肠息肉病中的应用和保留脾脏的胰体尾95%切除治疗新生儿高胰岛素综合征等多项手术省内率先开展，对小儿排便功能障碍的研究位居省内先进；先天性心脏病、脑部肿瘤、肛肠疾病的诊治及腔镜下的微创手术等均已成为本学科的特色诊疗技术。
多年来，本专科一直承担南京医科大学的理论教学和临床见习、实习指导任务；现为南京医科大学儿科学硕士授予点；是南京医科大学及江苏省儿科学人才的重要培训基地。
接收小儿外科进修医师进行专科培训；关注学术动态，紧跟学术前沿，积极开展创新性科学研究，先后承担省、市级课题10多项；共发表论文70余篇，包括在国际权威期刊上发表论文3篇；参编著作5部；多次选派医疗骨干到境外等学习、访问，参加国际学术会议。获江苏省卫生厅科技进步二等奖一项，江苏省卫生厅新技术引进一项，南京医科大学第二临床医学院新技术引进一等奖一项。
普通外科是本院儿童外科最早组建的专业之一，有二十多年历史。对小儿急性阑尾炎、腹股沟疝、肠套迭、先天性肛门直肠畸形、先天性巨结肠癌、先天性胆囊总管囊肿及新生儿消化道畸形等常见病、多发病的诊治具有丰富的经验。对鍀扫描诊断美克尔憩室并出血、小儿便秘及结直肠息肉病等疾病的治疗有独到的体会。
建科以来长期担任南京医科大学的教学、科研任务。多年来紧跟国际国内先进潮流，不断创新发展，有多项新技术项目在省内率先开展。获省卫生厅科技进步二等奖及新技术引进奖各一项。
开展的诊疗项目：
甲状腺舌管囊肿（瘘）、腮裂囊肿（瘘）、甲状腺肿瘤、消化道出血及穿孔、先天性肥厚性幽门狭窄、先天性巨结肠、新生儿坏死性小肠结肠炎、肠套叠、先天性肠闭锁和肠狭窄、直肠及结肠息肉、肛管直肠脱垂、肛瘘、先天性肛门直肠畸形、骶尾部畸胎瘤、胆道闭锁、先天性胆总管囊肿、脐膨出、脐疝、腹股沟疝、膈疝、腹裂、急性阑尾炎、腹部肿瘤、腹部外伤等疾病的诊治。
泌尿外科早在1986年小儿外科开科时就已经开展工作，至今二十余年的历史。目前临床常规开展的项目有鞘膜积液、隐睾、尿道下裂、泌尿系结石，小儿泌尿生殖系先天性畸形矫正，如：先天性肾盂输尿管连接处梗阻，两性畸形等，以及泌尿系肿瘤，如睾丸肿瘤，肾母细胞瘤等的手术治疗。
开展的绒毛膜促性腺激素对大鼠睾丸生长发育影响的研究和Wistar鼠单侧隐睾对对侧已降睾丸的病理研究，对指导临床激素治疗隐睾症有一定的意义。新开展的应用腹腔镜切除单侧肾发育不良伴输尿管开口异位，具有创伤小、术后恢复快的特点，减轻了患儿痛苦，该技术在省内处于领先地位。
小儿泌尿外科拥有德国进口的Storz小儿膀胱镜和腹腔镜等高新医疗器械，同时拥有成熟的专业人才队伍，在医院快速发展的今天，小儿外科也实现了整体的跨越发展，泌尿外科将进一步向专业化的方向发展，更好更方便地为周边儿童服务。
开展的诊疗项目：
包茎、包皮过长、隐睾、鞘膜积液、尿道下裂、先天性巨输尿管、两性畸形、女性生殖器畸形（子宫、阴道积液，小阴唇粘合）、先天性积水、先天性输尿管囊肿、肾发育不良、输尿开口异位、隐匿性阴茎、尿道憩室、尿道瓣膜、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、泌尿系结石、泌尿系感染及肾上腺嗜铬细胞瘤、肾上腺皮质生症等疾病的诊断治疗。
常见疾病问答：
小儿骨科（矫形外科）是儿童外科较早成立的专科之一。已开展各种小儿骨关节及肌肉系统疾病、运动系统创伤及骨关节先天性畸形、肿瘤等病种的诊断和治疗，取得显著成效，深受病儿及家长的好评。
开展的诊疗项目：
各类骨折、关节脱位，如桡骨小头半脱位、颈椎半脱位；骨髓炎、关节炎、骨软骨炎、软骨瘤、四肢肿瘤及瘤样病变；先天性畸形，如肌性斜颈、多指（趾）、并指（趾）、发育性髋关节脱位、狭窄性腱鞘炎、先天性马蹄内翻足；以及股骨头缺血性坏死、脑瘫后遗症、小儿麻痹后遗症、儿童肢体不等长等疾病的诊断和外科手术治疗。
神经外科是儿童外科成立的专业从事小儿颅脑疾病诊治的专科。目前开展先天性脑积水、头颅外伤与颅内肿瘤等疾病的诊治，并取得较好的治疗效果和社会效应。
开展的诊疗项目：
先天性脑积水、颅脑损伤（头皮损伤、颅骨骨折、脑损伤、颅内出血）、脑震荡、脑脊膜膨出、新生儿及婴儿硬脑膜下积液、脑肿瘤等。
儿童烧伤整形外科是儿童外科的一个分支学科，开设有门诊和病房，主要开展小儿烧烫伤的急诊处置、烫伤后植皮及烧烫伤畸形的治疗；先天性唇、腭裂的修补术；小耳畸形再造术；小儿血管瘤和淋巴管瘤的激光、药物注射及手术等综合治疗。治疗技术和治疗效果位居省内领先水平。
开展的诊疗项目：
先天性唇、腭裂、烧烫伤、瘢痕粘连、血管瘤、淋巴管瘤等体表肿瘤、多并指（趾）、软组织感染等疾病的诊断、外科手术和综合治疗。