南京医科大学第二附属医院儿科，是江苏省重点学科儿科学的重要组成部分，是首批江苏省省级临床重点专科，是南京医科大学博士、硕士学位授予点，博士后流动站点，也是国家级儿科学住院医师规范化培训基地，同时承担南京医科大学第二附属医院国家卫健委（原卫生部）全科医师规范化培训基地儿科学培训。
儿科多年来一直重视人才的培养和学科梯队的建设，目前拥有一支结构层次合理的学术队伍，现设有肾脏、内分泌、新生儿、消化、心血管、呼吸、血液、重症医学、神经、风湿免疫、儿童保健等11个亚专科，其中肾脏专科、内分泌专科、新生儿专科、消化专科、心脏专科的诊治技术均达国内先进水平。
小儿肾脏专科亦为省卫健委临床重点专科，新生儿专科为省级危重新生儿救治中心。现有专科床位200张，病房年收治病人8000余人，门急诊年诊治病人30万余人，医疗水平具国内先进、省内领先地位。
常年开设高级专家门诊，晚专家门诊，节假日专家门诊。现有主任医师（教授）8名，副主任医师（副教授）9名，博士生导师1名，硕士生导师7名，博士6名、博士后1名、硕士30名。中心还聘请了意大利、加拿大和美国等著名儿科医学专家为客座教授和顾问。并有一批专业素质高、业务能力强的临床医疗及护理队伍，技术力量雄厚。
儿科有多位专家担任国家级、省级及市级的学术职务：
中华医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组委员1名，中华医学会儿科分会全科医学学组委员1名，中华医学会儿科分会青春期医学委员会学组委员1名，中国医师协会儿科分会内分泌遗传代谢内组委员1名。
江苏省医学会儿科分会副主任委员1名，江苏省医学会儿科分会学组委员9名，江苏省医学会围产分会委员1名，江苏省中西医结合学会儿科分会委员2名，江苏省预防医学会儿童保健学组委员1名，南京市医学会儿科分会副主委1名，南京市医学会围产分会副主委1名，江苏省医院管理协会儿童医院分会副主任委员和委员各1名。《中华儿科杂志》，《中华实用儿科临床杂志》等杂志特约编委1名。
多名专家获得省部级人才培养：
江苏省六大人才高峰人才A类1名，江苏省“333”工程人才1名，江苏省妇幼健康重点人才1名，南京市卫生青年人才第二层次1名。
技术优势与特色：
儿童肾脏病专科：江苏省卫健委重点临床专科，医院重点临床专科，中华医学会儿科分会肾脏病学组组建单位之一，有多名儿童肾病专家先后担任学组组长和委员等职务。
2011年成为卫生部临床药理机构。在国内最先开展小儿肾活检，成为国内儿科界少数能全套开展小儿肾活检病理检查及病理诊断技术的单位，至今已安全开展数千例儿童肾活检手术。对儿童难治性肾病、紫癜性肾炎、血尿、遗尿症等各种急慢性肾脏疾病的诊治积累了丰富的经验，诊治水平国内领先。同时常规开展儿童腹膜透析、血液透析、血液滤过、血液灌注和血浆置换等治疗。
儿童内分泌专科：南京医科大学第二附属医院儿童内分泌专科目前是世界糖尿病基金会(WDF)-中国儿童糖尿病管理项目江苏中心，也是中华医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组，中华医学会儿科分会青春期医学委员会，中国医师协会儿科分会内分泌遗传代谢学组委员单位；对生长激素缺乏症等矮小症、性早熟和青春期发育迟缓、Turner综合征、甲状腺疾病、糖尿病、肥胖症等儿科内分泌疾病的诊断与治疗居国内领先水平。
新生儿专科：江苏省首批危重症新生儿急救中心，国家级青年文明号，江苏省广播电视总台最受观众信赖科室。配有先进的绿色转运系统，是南京市城北120新生儿转运中心。新生儿重症监护室（NICU）在省内率先配备空气层流净化系统，具有先进的新生儿专用医疗仪器设备，在新生儿窒息、新生儿呼吸窘迫综合症、新生儿缺血缺氧性脑病、早产儿、极低、超低出生体重儿、新生儿黄疸及新生儿围手术期处理等诊疗方面具有丰富的临床经验。
儿科常规开展常频机械通气、高频振荡通气、肺表面活性物质替代治疗、亚低温治疗、胃肠外全静脉营养、脑干诱发电位听力检查、新生儿行为测定（NBNA）、头颅超声检查、脐血管置管、经外周中心静脉（PICC）置管、鸟巢护理、袋鼠式护理、抚触疗法、早产儿发育支持照顾等先进的诊疗项目及特色技术。
儿童消化专科：在省内率先开展小儿内窥镜检查，是全省较少能够开展四级内镜手术难度的儿童单位，常规开展儿童胃镜（最小患儿7月），肠镜（最小患儿16月）操作，儿童异物取出术（最小患儿8月），儿童消化内镜止血，消化道狭窄治疗以及儿童ERCP操作等，诊治水平国内领先；在儿童IBD的独立诊治上也达到国内领先水平；对小儿厌食、再发性腹痛，迁延、慢性腹泻病的诊治亦有丰富的经验和独特的手段。
儿童心血管专科：依托本院心血管中心成为江苏乃至华东地区唯一一家融合心脏内科、心脏外科、血管外科、监护病房、麻醉、体外循环、术后护理、心电图、心脏超声、心脏电生理、导管室等相关专业为一体的中心，中心内各个专业带头人及主要成员均有海外学习经历，掌握国际最新诊疗技术为患者服务。
常规开展各类先天性心脏病、心脏瓣膜病的诊断及治疗，尤其在先心病的介入封堵，并在获得性、遗传性心脏病诊治具有丰富的经验，如心律失常、心功能不全、心肌炎、心肌病、川崎病、高血压、晕厥、胸痛等。
儿童呼吸专科：擅长儿童反复呼吸道感染、重症肺炎、慢性咳嗽、婴幼儿反复喘息以及支气管哮喘等疾病的诊断及治疗。开设儿童呼吸专家及专科门诊，对儿童呼吸系统疾病的诊治尤其是对慢性咳嗽，难治性哮喘，重症肺炎的诊治积累了丰富的经验，达省内领先水平。常规开展儿童支气管镜、肺功能、呼出气NO测定、过敏原以及呼吸系统感染的病原学检查。
儿童血液肿瘤专科：本专科是江苏省农村儿童重大疾病（儿童白血病）定点诊治单位。对小儿白血病、难治性血小板减少性紫癜、急性重型再生障碍性贫血、组织细胞增生症等采用先进方法治疗取得显著效果，至今已有数十例白血病患儿被治愈；对小儿实体肿瘤的治疗经验丰富，省内具有较高知名度。
儿童重症医学科：收治急诊和儿科临床科室的各种危重病人，如：各种原因所致的呼吸衰竭；各种原因引起的休克；严重酸碱平衡、水电解质紊乱；昏迷伴有呼吸循环不稳定；严重心律失常、急性心功能不全；各类严重感染等病人。配备有多种先进的监护和治疗设备，能对危重病人进行24小时动态监护、及时治疗和专业护理。
近年来成功抢救心跳、呼吸骤停、过敏性休克、中毒、昏迷、惊厥持续状态等危重病人近百例，多次承担江苏省儿童手足口病救治工作，成功抢救多例重症手足口病危重患儿。
儿童神经内科：对癫痫及各种惊厥、脑瘫及各型瘫痪、失语、颅内感染、智力低下、多动症、抽动症、及各种脑损伤后遗症等的诊治，具有较丰富的经验，尤其擅长各类癫痫的诊治。常规开展小儿脑电图、动态脑电图、视频脑电图、听觉诱发电位等检查。
儿童风湿免疫科：收治儿童系统性红斑狼疮，混合性结缔组织病，川崎病，过敏性紫癜等血管炎及儿童慢性关节炎等常见儿童风湿免疫性疾病和变态反应性疾病。对疑难和重症风湿性免疫疾病有一定的诊疗经验。
儿童保健专科：儿童保健科的前身系江苏省儿童保健研究中心，开展临床医疗、保健、教学、科研工作，承担有国家级、省级自然科学基金研究项目，并参与国际多中心合作科研项目。
建立信息化的儿童健康档案，开设有：生长发育门诊，儿童营养门诊，母乳喂养门诊，心理行为门诊，高危儿门诊，遗传咨询，眼保健、口腔防龋保健、听力筛查、髋关节发育筛查、及经皮胆红素测定，经皮脉氧监测等。并开展儿童早期发展训练，康复训练。
科研教学：
儿科是一个集临床、科研、教学于一体的学科，承担着南京医科大学临床5+3年制、五年制、国际学院留学生班、成人继续教育学院、康达学院的儿科学教学任务。
科研方面也取得了显著成绩，近年来立项课题44项（其中国家自然科学基金3项、省部级课题10项、市厅级31项）已发表相关研究论文数百篇，其中SCI收录论文16篇，最高影响因子9.69。参与及主编临床儿科书籍9部。先后获省科技进步二等奖1项、省医学科技奖医学科普奖1项；南京市科技进步二等奖1项。
在继承学科传统优势的同时，儿科更加瞄准国际前沿，注重新技术的开展与新领域的拓宽，重视对外流与人才培养，多次举办国家级儿科继续教育培训学习班。本科室八十年代起就建立了对外交流的传统，先后派遣多名医生在国内外研修或参加国内外学术会议，多次接受国内外知名专家学者来院进行临床科研合作和学术交流。