南京医科大学第二附属医院神经外科是现代化新型神经外科疾病诊疗中心，拥有床位40张，其中神经外科重症监护病房5张。医生13人，主任医师5人，副主任医师2人；博士7人，硕士4人；研究生导师3人。医疗技术水平处于省内前列，神经肿瘤、脑血管病、颅脑损伤、神经功能、脊髓脊柱、神经重症等亚专科全面发展。神经肿瘤方面，常规开展胶质瘤、脑膜瘤、神经鞘瘤等手术，神经内镜下垂体瘤微创手术已成为科室特色技术；脑血管病方面，动脉瘤、血管畸形、烟雾病、颈动脉狭窄等开颅手术为科室常规技术，同时成熟的血管内介入微创技术，救治了大量脑卒中患者；特别是科室特色技术-偏瘫患者神经移位手术，处于行业内领先水平。