南京医科大学第二附属医院普外科，为省临床重点专科、“十三五”省医学重点学科、省基层医疗特色科室普外科孵化中心。科室设有肝胆胰脾、胃肠、结直肠、甲乳各亚专科，共有6个病区，开放床位187张。现有医护人员110余名，其中主任医师12人（教授/博导2人），副主任医师17人（副教授7人，硕导9人）。

作为省内最早开展腹腔镜胃肠及肝胆胰手术的学科之一，精于各类肝胆胰、胃肠肿瘤、减重、甲乳、疝气的腹腔镜和机器人微创手术。科室近年来承担国家及省部级课题15项，先后获省部级奖项7项，省卫生拔尖人才1人，省优秀科技工作者1人，省医学重点人才2人，青年医学人才3人，六大高峰人才7人，“333高层次人才”4人及中青年领军人才1人。