南京医科大学第二附属医院泌尿疾病中心历经近40年发展，现为中华医学会泌尿外科学分会常委、江苏省医学会泌尿外科学分会主委单位，江苏省“十四五”医学重点学科，江苏省社会办医疗机构协会泌尿外科专委会主委单位，省级临床重点专科，南京医科大学博士学位授予点和博士后流动站，也是医院重点打造的优势学科之一。2023年度STEAM排名省内前四，全国58位。学科共有医技护研近百人，教授3名，副教授6名，主任医师7名，副主任医师9名，其中博士研究生导师4名，硕士研究生导师8名，国务院政府特殊津贴专家、有突出贡献中青年专家、“万人计划”青年拔尖人才等国家级、省级人才20余人次。

学科设有四个病区（145张床位），现已形成以“泌尿系疾病单孔微创技术、肾脏移植、盆底尿控疑难疾病诊疗”三大中心为特色的综合强科。诊疗范围覆盖泌尿生殖系肿瘤、泌尿系结石、男科疾病、前列腺疾病、肾上腺及尿路修复重建等亚专科。学科多年来锐意进取，开拓创新，形成了以泌尿系疾病微创技术为特色，其中单孔腹腔镜、机器人单孔腹腔镜手术、前列腺蒸汽热疗消融术、肾移植外科、骶神经调节技术、复合式冷热消融等多项技术达到国内、国际先进水平。