牡丹江医学院附属红旗医院小儿外科，始建于1985年初，是黑龙江省东部地区最早的小儿外科，历经几代人的培育，已成为省内著名儿童外科临床科研教学中心及具有权威性学术地位的龙头科室之一，培养出很多专业精英、救治了无数名患者，为牡丹江地区医学事业的发展做出卓越贡献。外科主任由牡丹江市小儿外科首席专家、牡丹江市现代小儿外科先进技术的奠基人徐延波主任医师担任，在徐延波教授带领下，科室加大创新与新技术引进步伐，解决了大量复杂疑难病例及重大技术难题。如：新生儿先天性严重畸形与肿瘤手术成功率为国内领先水平（93.1%），治愈先天性食道闭锁气管食管瘘填补黑龙江省空白；又如：全省率先引进儿童腹腔镜微创外科技术，省内率先开展经肛门巨结肠根治术、前后矢状切口肛门成型术、单纯经尾路切除腹腔型骶尾部畸胎瘤等复杂疾病新术式，疗效显著。还有，儿童外科常见病、急腹症均采用最先进手术方法，达到国内先进水平，在省内形成显著技术优势，如1厘米切口“疝气”手术及鞘膜积液手术、经脐单孔腹腔镜阑尾切除术（腹壁看不到刀口）、腹腔型高位隐睾一期牵引术、儿童急腹症腹腔镜探查和治疗同步进行等。红旗医院小儿外科始终奉行着先进的专业理念：追求手术方法与国内小儿外科中心基本同步；追求完美的治疗过程与结果。在疾病治疗中应用了国际上最先进的腹腔镜技术、整形技术、显微外科技术，手术更完美、切口更美观、痛苦小、效果好，深受人们赞誉。小儿外科负责诊治0-18周岁各种外科疾病，科室现有医护人员14人，多人多次到国内著名医院研修深造。医疗组中主任医师、教授二人，副主任医师、副教授1人，主治医师1人，住院医师2人；护理组中主管护师5人，护师2人，护士1人。