南京市第一医院感染性疾病科，是南京市重点专科，现开放床位39张，除病区外，还设立感染病、肝病、腹泻病、发热四个专病门诊，全年诊治门诊患者超过两万人次。此外还承担院内外疑难病会诊、抗菌药物指导工作，每年会诊数超过1000人次。现已经建立多个感染性疾病亚专科，包括疑难感染病与发热待查、医院感染与防控、肺外结核诊治、中枢神经系统感染、感染病虚拟病房、医联体病房等，以各类“热病”、危重复杂感染为重点发展方向。

在不明原因发热和新发感染性疾病的诊治、中枢神经系统感染及真菌感染诊治等方面具有丰富的临床经验。同时设有独立的感染科临床微生物实验室，充分发挥临床与实验室相结合的优势，为临床疑难病例诊断及感染科研提供支持。感染性疾病科是南京医科大学感染病专业硕士授予点，有多项省市级课题在研，主要研究方向：细菌耐药的预防和诊治，疑难复杂感染的诊治，肺外结核的早期诊断，艰难梭菌感染等。

目前感染科共有医务人员25名，其中医生9名，护士16名，拥有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师4名，住院医师2名，其中博士2名，硕士6名，多人在省市感染专业学会任职。科室氛围温馨和谐，秉持“团结奉献求实进取”的院训精神，坚持“病人第一，质量第一”的医疗服务原则，在注重医术的同时注重对医务人员的医德教育，多次受到患者的赞誉。