南京市第一医院肿瘤外科，现有主任医师3人，副主任医师4人，博士学位获得者16人，博士和硕士研究生导师6人，留学归国人员7人。为南京医科大学肿瘤中心临床基地、江苏省“十二五科教兴卫工程”创新团队、“十三五科教工程”医学重点学科、江苏省医学重点临床专科、南京医科大学和东南大学肿瘤学博士和硕士研究生培养点、南京肿瘤临床医学中心和南京肿瘤转化医学基地，为全国肿瘤药物临床试验机构，国家级博士后科研工作站。本科室为涵盖内科治疗中心、放疗中心、肿瘤微创治疗中心、沃森智能诊疗系统的综合型科室，常规开展肿瘤化疗、肿瘤生物治疗、镇痛治疗、分子靶向治疗、放射治疗及肿瘤微创和无创治疗的专业科室，强调按照循证医学指导下的肿瘤规范、个体化和多学科综合治疗。紧跟精准肿瘤治疗的发展方向，常规开展与肿瘤化疗药物和分子靶向药物的疗效、副反应以及药代动力学相关的分子标志检测，实现肿瘤的个体化精准治疗，最大程度上提高治疗的效果、降低治疗的副反应。使许多难治、复发的肿瘤患者取得了较为满意的疗效。该科室目前承担了包括国家科技部重大基础研究计划（“973”）子课题、国家自然科学基金、江苏省科技厅临床医学专项、归国留学人员优秀类基金、南京市杰出青年基金等各级各类课题60多项，发表SCI收录论文60余篇，所做的研究多次在美国临床肿瘤学年会（ASCO）、美国癌症研究会年会（AACR）等国际会议上交流，并多次获得各级科技进步奖。该科强调科室交流国际化，先后有8位医师先后在德国、美国、加拿大、日本、英国和香港等地的著名医疗机构学习，并有多位医师在北京、上海以及天津等国内著名的肿瘤医院进修学习，与德国、美国、加拿大和香港等国外著名的医疗机构建立友好协作关系，共同开展先进的肿瘤诊断和治疗技术。