黑龙江省医院是1954年于原松江省与黑龙江省合并后，在原两所医院的基础上组建起来的一所综合性省级医院。1988年日本全国自治体病院协议会无偿提供部分医疗设备，上级批准进行装修扩建，使医院的医疗技术基础得以加强。为纪念中日友谊，经省政府批准，称黑龙江省医院暨黑龙江省中日友谊医院。2002年成为哈尔滨医科大学第六临床医学院。

黑龙江省医院占地面积4万平方米，总建筑面积达15万平方米，其中医疗用房12万余平方米。病床1200张，医疗设备总值1.9亿元，50万元以上大型设备39台（件）。工作人员1835人，卫生技术人员1341人，主任医师171人，副高职人员323人，各级护理人员717人，享受省政府特殊津贴20人。年门诊量70万人次，年收治住院病人30000人次。医院设一个住院部、一座分院和附属消化病医院、两个门诊部；一所附属护校；四个挂靠研究所设在我院，即黑龙江省老年医学研究所、黑龙江省烧伤研究所、黑龙江省消化病研究所、黑龙江省临床药学研究所。住院部设有32个临床科室，14个医技科室，10个教研室。同时设有肿瘤放射治疗中心，准分子激光近视眼治疗中心，急诊急救中心，放射免疫检验中心，整形美容中心，介入治疗中心，脊柱激光治疗中心、黑龙江省——美国思达心脏中心。

黑龙江省医院位于市区繁华地带的南岗分院和附属消化病医院融门诊、住院于一体，其建筑雄伟，具有先进的医疗设施，环境优雅，设备一流。现设床位324张。设有皮肤性病中心和影像中心、眼病治疗中心、急诊急救中心、腔镜中心、整形美容中心、口腔治疗中心。

黑龙江省医院的消化病院、肤科、烧伤科、心血管内科四个科室被列为省级重点专科，眼科等12个临床科室被列为省卫生厅重点专科。附属消化病医院开展的经皮经肝胆囊碎石术、液电碎石治疗胆囊结石、肝内结石，支架治疗重症幽门食道梗阻、胆道梗阻等介入治疗技术处于国内领先水平。在胆、胰病及门脉高压合并症诊治方面填补了一些国内及省内空白。心血管内科开展的经皮冠状动脉成形术治疗急性大面积心肌梗塞（急诊PTCA）例数和成功率居省内第一。心血管外科开展的冠状动脉搭桥术93%是在非体外循环心脏正常跳动下完成的，例数和成功率居省内领先水平。2000年开展的在局麻下非体外循环心脏不停跳微创左胸小切口冠状动脉搭桥术为世界第四例手术。开展的右腋下小切口冠心病直视手术为全省之最。利用介入封堵术非手术疗法治疗先心病获得成功，填补省内空白。周围血管病科开展的血管内超声消融治疗慢性深静脉血栓、超声消融治疗下肢动脉硬化闭塞症、胫骨钻孔血管再生术均获得成功，并开展自体骨髓移植血管再生治疗下肢缺血性疾病、微创方法治疗慢性深静脉血栓形成等填补国内空白的两项新技术，不断扩大新技术优势，占据新技术前沿。

皮肤病理和大面积烧伤、呼吸道烧伤的总体治疗具有较高水平。微创外科方面，应用膝关节镜治疗关节内病变；应用经皮激光椎间盘减压术（PLDD）新方法治疗颈椎病、腰间盘突出症；应用腹腔镜开展胆囊、卵巢囊肿、输卵管、子宫切除术。脏器移植正在起步，肾脏移植、肝移植常规开展，心脏移植处于前期准备阶段。放免检查项目达百余项。

结合临床需要开展医疗新技术600余项，承担省级以上科研课题326项，获省级科研成果241项，省卫生厅科技进步奖118项。举办心血管病、周围血管病等特色技术的国际、国内学术会议200余次。

改革开放以来，医院不断加强与国内外同行间的医学友好交流往来关系。医院与日本全国自治体病院协议会交往密切。先后与日本国市立砺波综合病院、新泻县癌中心病院、韩国釜山日新基督病院建立了医学友好关系。与新疆维吾尔自治区人民医院建立了学术交流合作关系，并与辽宁、吉林、河北三省省医院、内蒙古自治区医院、内蒙古医学院附属医院建立了院际交流合作关系。并派出300余人出国研修、考察、参加学术会议、讲学。接待来院参观访问、学术交流的中外专家、学者等千余人。

1958年医院被评为全省文教群英会先进集体，1960年全国文教群英会先进集体，1991年被评为全国卫生系统先进集体，1992年被评为三级甲等医院，1993年被评为省直文明标兵单位、爱婴医院，1994年被评为“创百所信得过医院，争做最佳医务人员”活动优胜单位，1997年被评为全省卫生系统先进集体。1998年被评为全国“百佳医院”，全国“抗洪防病”先进集体，1999年被评为全省卫生系统先进单位、省级文明单位。2003年被评为全国抗“非典”先进集体。