郑州大学第三附属医院小儿外科最早成立于1986年创立，是河南省最早成立的小儿外科专业。经过近40年的建设和发展，一直是我省小儿外科的龙头，引领我省小儿外科医学事业蓬勃发展，现已发展成为集临床、医疗、教学、科研及人才培养为一体的临床科室。
目前，小儿外科在王新军院长和单峤主任的带领下锐意进取，共计开放病床158张，以高学历、高水准人才为科室骨干，医护人员共计155人，其中医师49人，高级职称医师18人，中级职称24人，初级职称7人，博士生导师2人，硕士研究生导师7人，博士14人，在读博士1人，硕士以上学历42人。护士106人，高级职称3人，中级职称63人，初级职称40人。
“工欲善其事，必先利其器”，为了给临床复杂疑难以及微创治疗提供全方位保障，小儿外科配备了国内领先、业内一流、省内顶尖的手术器械，神经外科：进口肿瘤/血管三荧光高倍手术显微镜、神经外科手术机器人、术中神经电生理监测系统、手术三位一体导航系统、脑室镜、高清进口4K神经内镜、经颅磁刺激仪、超声吸引+超声骨刀等先进设备。泌尿外科：进口腹腔镜、小儿及成人输尿管镜、膀胱镜、尿道镜、经尿道电切镜、尿动力学检查仪等先进设备。普外科：先进的3mm腹腔镜微创手术、直肠测压器等设备。心胸外科:体外循环机、ECMO、血液超滤机、血液回收机、高频呼吸机、血气分析仪、ACT检测仪、手术实况转播仪、食道超声仪、胸腔镜等设备。骨科：拥有先进的检查和治疗仪器，如小儿关节镜、超声骨刀、加拿大Delphis94-R01-BT型尿流动力学检查仪、C型臂X线机、迈瑞多功能心电监护仪、微量泵、特定电磁波治疗仪、骨科手术后多功能康复器具等设备。经过长期的临床实践积累，小儿外科对疑难危重病症患者的治疗已走在了全省前列，赢得国内广泛赞誉。
小儿外科时刻秉承着临床、科研两头并进的先进理念，科研团队至今共引进博士十余名，全面提升了小儿外科的临床、科研综合实力。自2018年以来已发表SCI期刊论文63篇，中华论文26篇，其他核心期刊百余篇，出版论著12部，获得省部级科技进步奖8项，医学科技奖一等奖2项，二等奖7项，承担相关科研项目41项，其中国家级项目3项，省部级项目8项。
现已常规开展业务：
神经外科：
1.脑和脊髓肿瘤：胶质瘤、室管膜瘤、颅咽管瘤、髓母细胞瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、椎管内肿瘤等的手术治疗；
2.各种类型脑积水的手术治疗；
3.功能性疾病：难治性癫痫、面肌痉挛、三叉神经痛、糖尿病足、脑瘫、帕金森病、抽动症等的手术治疗；
4.先天性疾病：狭颅症、脊柱裂、脊髓栓系、小脑扁桃体下疝等的手术治疗；
5.脑血管疾病：高血压脑出血、颅内动脉瘤、血管狭窄、烟雾病、颅内动静脉畸形等的手术和介入治疗；
6.颅脑创伤救治以及昏迷促醒治疗。其亮点工作包括：神经肿瘤防治的基础研究与临床研究；妊娠脑卒中、妊娠脑肿瘤等危急重症的临床救治及孕产妇生育力的保存；糖尿病足周围神经减压术；难治性癫痫的外科治疗；颅脑创伤救治的基础与临床研究。
泌尿外科：在先天性肾积水、尿道下裂、重复肾畸形、鞘膜积液、隐睾、隐匿性阴茎、包茎、包皮过长、两性畸形等泌尿生殖系畸形矫形及微创治疗方面位于国内第一梯队。科室常规开展微创治疗泌尿系的疾病如：腹腔镜下肾盂成形术、腹腔镜下重复肾及发育不良肾切除术、复杂尿道下裂一期及分期手术，高位隐睾分期腹腔镜手术，膀胱镜下后尿道瓣膜电切、输尿管囊肿开窗、膀胱镜下膀胱颈电切术等。
普外科：率先开展先天性巨结肠、胆总管囊肿、肛门直肠畸形、胆道闭锁、胃肠道疾患、膈疝、小儿疝气、阑尾炎、肠套叠、巨脾等疾病的手术治疗。
心胸外科：针对许多生后需要早期救治的复杂危重先天性心脏病，诸如：肺动脉闭锁、完全性大动脉转位、主动脉缩窄、主动脉弓离断、完全性肺静脉异位引流、三尖瓣闭锁、完全型肺静脉异位引流、完全型大动脉转位、右室双出口、三尖瓣下移畸形、法洛四联症、肺动脉吊带、冠状动脉瘘等。常规开展各类胸部手术：隔离肺、肺囊腺瘤、膈疝、膈膨升，漏斗胸、鸡胸、叉状肋、脓胸、肺脓肿、纵隔肿瘤、肺部肿瘤、胸部外伤等。
肿瘤外科：各种小儿实体肿瘤，包括神经母细胞瘤、先天性肺气道畸形（肺囊腺瘤、隔离肺）、肝脏肿瘤、肾脏肿瘤、软组织肉瘤、纵隔肿瘤、各型生殖细胞瘤肿瘤（畸胎瘤等）、血管瘤、淋巴管畸形（淋巴管瘤）等脉管性肿瘤以及其它儿童罕见肿瘤等。
骨科：包括各种创伤（微创技术治疗四肢骨折及脱位、严重车祸挤压高空坠落伤），先天性/特发性脊柱侧弯、脊髓拴系综合征、脊髓纵裂、脊髓肿瘤、小儿麻痹后遗症、先天性（发育性）髋脱位的早期筛查和保守及手术治疗、臂丛神经损伤、漏斗胸微创手术、多指及并指畸形、狭窄性腱鞘炎、巨指（趾）畸形，膝关节内外翻、马蹄内翻足、骨骼肌肉系统肿瘤及骨病（血管瘤、骨软骨瘤、骨恶性肿瘤、骨纤维异常增殖症、神经纤维瘤）、肌性斜颈、先天性胫骨假关节、先天性高肩胛、各类骨关节化脓性感染、急慢性骨髓炎、臀肌挛缩症、多关节挛缩症、脑瘫后遗症、成骨不全等肢体残疾。
小儿外科与国外内多家医院有广泛合作，如北京天坛医院、北大一院、北京三博脑科医院、北京儿童医院、上海华山医院、加拿大多伦多儿童医院，上海儿童医学中心，北京阜外心血管病医院，让患者足不出省就能得到国内专家团队远程会诊。