首都儿科研究所附属儿童医院眼科是我院最早成立的专科之一，小儿眼科医疗水平居国内领先。眼科在职医护人员共26人。主任医师1人、副主任医师2人、主治医师8人，其中博士3人，硕士7人。

眼科在小儿眼科各专业方面开展了大量临床工作和科研。主要擅长小儿斜弱视，青少年屈光不正，先天性上睑下垂，先天性睑内翻和倒睫，先天性泪道阻塞，早产儿视网膜病变筛查及复杂睑板腺囊肿的手术治疗。眼科门诊具备一流的诊疗设施和检查设备，日门急诊量超过300人次。

目前眼科拥有OCT、retcam、干眼仪、光学测量仪、多光谱眼底成像仪、眼科电生理、角膜地形图等专项检查，开设视光专业门诊，开展角膜塑形镜及RGP的验配，针对快速进展的近视患儿提供个性化治疗方案。眼科年手术量3000例，可行复杂斜视患儿手术治疗及术后功能重建视觉训练，先天性睑内翻及上睑下垂、先天性内眦赘皮等整形手术治疗，先天性泪道阻塞疏通术及鼻内窥镜下复杂泪道的手术，早产儿视网膜病变的手术治疗。