首都儿科研究所附属儿童医院泌尿外科，是全国小儿外科培训基地，现有医师15名、护士20名，其中高级职称医师7名，硕士生导师3名。设有门诊及病房床位40张。门急诊全年无休，年门急诊量达4万人次，年手术量达2800人次。

开展包皮环切术及腹腔镜鞘突高位结扎术等日间手术，病房手术包括泌尿外科各种常见及疑难手术，包括尿道成形术、离断肾盂成形术、膀胱输尿管再植术、泌尿系统各种肿瘤切除术、睾丸固定术等，腹腔镜微创手术是泌尿外科特色，广泛应用于睾丸固定术、离断肾盂成形术、精索血管切断术、性腺探查术等。各种手术的成功率达到全国先进水平。

泌尿外科承担北京大学医学部小儿外科教学、全国小儿外科培训基地泌尿外科教学工作。目前承担市级科研课题3项、所级课题1项。

学科定位为区域性小儿泌尿外科科研及临床中心。