首都儿科研究所附属儿童医院感染科，北京市住院医师培训基地。2013年由感染消化科更名为感染科成为独立的专业科室，目前有专业医师17名，专业护理人员14名，其中高级职称医师2名，主治医师3名，主管护师5名。门诊主要接诊呼吸道传染病（结核病除外）和肠道传染病的疑似和确诊病人，包括麻疹、风疹、手足口病及疱疹性咽峡炎、水痘、猩红热及链球菌感染、百日咳、流行性腮腺炎、流感、流脑、乙脑、细菌性痢疾、感染性腹泻、传染性肝炎、禽流感筛查、突发公共卫生事件的应急处理等。可对不同病种做到分区分室就诊和留观，减少院内感染几率。科室承担规培医师及研究生的轮转规培工作。开展了手足口病、腹泻病等专业疾病相关的多项临床研究。科室理念为抗感治染，防大于治。