首都儿科研究所附属儿童医院呼吸内科，是国家临床重点专科，中国医师协会内镜分会儿童呼吸内镜培训中心。成立于1958年，1960年成立呼吸病房，1975年发展呼吸专业并建立呼吸功能室，1980年成立哮喘专业门诊。现有呼吸医师34人，护士39人，技师，其中高级职称医师9人，高级职称护士1人，博士生4人，硕士生导师4人。呼吸内科设有门诊、病房、电子支气管镜室、睡眠监测室；在学科带头人领导下，由各亚专科学科骨干作为负责人成立亚专科发展人才梯队，设四个亚专业组，分别为感染与支气管镜组、疑难间质病组、呼吸睡眠组、哮喘组。呼吸内科确立的专科业务发展方向包括：①呼吸道感染性疾病诊治及儿童支气管镜应用技术；②睡眠呼吸障碍诊治及其发病机制；③支气管哮喘和喘息性疾病诊治及基础研究；④婴儿呼吸疾患及小儿气道病诊治；⑤儿童间质和弥漫性肺病诊治及发病机制研究；⑥囊性纤维化及原发性纤毛运动障碍中心（PCD）诊治及发病机制；⑦慢性肺病的呼吸治疗。目前呼吸内科已开展电子支气管镜诊治技术、多导睡眠监测技术、咽喉PH监测返流技术。已开展哮喘门诊、睡眠门诊、反复呼吸道感染门诊。呼吸内科是北京大学医学部及北京协和医学院硕士研究生培养点，不仅承担临床医疗任务，而且承担了科研及进修医师和进修护士的培训工作。承担北京大学医学部本科生、硕士研究生等的教学任务，每年承担教学工作：在读硕士研究生9人，进修医生10余人，实习生20余人。呼吸内科与临床实验室、科研实验室等合作，在呼吸道疾病病原学监测与检测的研究方面，取得多项突破，并在小儿呼吸道感染的细菌、支原体以及病毒等病原学检测方面作了大量研究工作。形成儿科呼吸治疗中心，指导脊髓型肌萎缩、杜氏肌营养不良等神经肌肉基础疾病合并慢性肺病患儿的呼吸道管理、咳痰机的使用及夜间家庭无创呼吸机的应用，努力探索专病管理及科研模式。科室理念为严谨、求实、开拓、创新。