济宁医学院附属医院胸外科，我院胸外科分为肺疾病和食管疾病两个亚专业病区，目前是山东省内综合实力最强、学术领域最活跃、区内影响力最高的胸外专科之一，为省临床重点专科培育单位，集临床、科研、教学、成果转化于一体；
科室是山东省医学会、医师协会、中西医结合协会胸外科分会委员、济宁市医学会胸外科分会、济宁市医学会胸心血管外科分会、济宁市中西医结合胸外科分会副主任委员单位。
人员结构
科室三大团队，
（1）临床团队：现有医、护69人，主任医师5人，副主任医师5人，主治医师2人，住院医师4人，其中硕士研究生导师4人。
（2）基础研究团队：济医附院中心实验室开展早期肺癌组学研究、晚期肺癌转移与复发机制取得系列阶段成果。
（3）客座教授团队：中国胸外科肺癌联盟成员、山东省立医院，山东齐鲁医院，上海市胸外科医院、上海肺科医院、上海中山医院、武汉同济医院、四川华西医院成立顾问委员会。
专科特色，形成肺疾病和食管疾病两个亚专业病区
1.微创化手术和快速康复：微创胸腔镜手术涵盖了所有胸外科常见病种，并能为各类胸外科疾病提供个体化、微创解决方案，结合快速康复理念和措施，手术质量和患者术后康复速度大大提高。微创胸外科比例、难度居于省内甚至国内领先水平。肺结节的多模式“一体化诊疗”是其特色，根据病人自身特点结合结节部位，制定个体化的胸腔镜下肺叶、肺段切除，肺结节消融术，国内一流水平。
微创食管癌手术主要采用全胸腔镜腹腔镜食管癌切除颈部吻合联合二野清扫为主体手术方案，软镜与胸腔镜联合诊疗食管良性疾病。
2.肺癌和食管癌的早诊早治和规范化外科诊疗：我科从2007年就开始探讨肺癌、食管癌的多学科综合治疗，院内多学科合作对肺癌、食管癌的术前评估、手术指征、规范化、微创化手术方案、术后综合治疗制定了科学合理的系统方案，强调根据临床分期结合基因检测结果制定肿瘤个体化治疗方案。
3.胸部纵膈外科和胸壁矫形外科，特别是胸腺重症肌无力外科，提供多种微创化解决方案，非插管剑突下前纵隔胸腺扩大切除是最大特色，使得围手术期更加安全、恢复更快；鸡胸、漏斗胸等胸廓畸形的微创矫形手术也是本科室的一大亮点。
4.胸部疑难杂症和高难度手术：对胸部各种复杂手术和高难度手术的处理有丰富的经验。
例如：局部晚期肺癌的完整切除加重建治疗，经心包内处理肺血管肺癌切除术、中央型肺癌行肺癌切除并隆突切除成形术、肺癌行支气管和血管双袖式切除术；上腔静脉切除置换手术；肺癌根治联合胸壁切除；气管肿瘤切除重建术；巨大纵隔肿瘤切除术；以及各种复杂胸腔镜手术等。疑难肺部手术并发症支气管胸膜瘘进行微创联合介入支架封堵技术是一大特色。
5.开展“医护一体化”整体医疗服务模式，为患者围手术期治疗提供高质量的快速康复外科服务。
6.达芬奇机器人微创下常规胸外科手术和日间手术是科室特色。
科研教学
科室暨住院医师规培、留学生、研究生培养基地，本科理论课、见习、实习教学单位。近年来依靠学校先后成功联合申请多项国家自然科学基金、省自然科学基金及市级等各级科研基金课题，在研经费240万，中华期刊及SCI发表论文30余篇，目前逐渐形成以临床需求和科研成果转化为导向的临床和基础研究方向。