济宁医学院附属医院神经外科分为神经外科功能神经外病区、神经外科脑肿瘤病区、神经外科脑血管病区。
神经外科功能神经外病区是山东省成立最早（1980年）的神经外科之一，是山东省临床重点专科，济宁市医药卫生重点学科，是留学生及硕士研究生学位授权点和培养基地，包括神经外科脑肿瘤病区、神经外科脑血管病病区、神经外科功能病区、神经外科重症监护室（NICU），科室还拥有山东省干细胞与神经肿瘤学重点实验室（山东省级医药卫生重点实验室）和神经外科显微手术训练室。现有医护人员100余名，其中教授、主任医师9名，副主任医师10名；具有博士学位7人，研究生导师5人。拥有丰富的临床经验和先进的专业技术水平，每年完成各类显微手术和神经介入栓塞手术3000余台。
科室经过四十多年的发展，现已成为具有一定规模和影响的现代化科室。本学科近年来获省级、厅（局）级科技进步奖20多项。目前承担10多项国家、省、市级科研课题。近年来，在Neuroscience、中华神经医学杂志、中华医学杂志、中华神经外科杂志等国内外重要期刊上发表学术论文100多篇。科室定期召开学术会议，承担外省市、省内周边地区及十二县市区神经外科医师进修、会诊任务，承担援疆、对口支援等政治任务，神经外科医教研水平在省内尤其在鲁西南地区处于领先地位，发挥引领和辐射作用。
技术团队：
现有主任医师2名，副主任医师3名，主治医师1名，其中博士后1名。科室专业技术力量雄厚，医疗设备先进。拥有一批在省内外知名的专家教授。功能神经外科病区分为癫痫外科、三叉神经痛、面肌痉挛、脑积水、颅内各部位囊肿、椎管肿瘤及脊髓空洞、颅脑外伤等特色疾病诊疗组。
业务范围：
顽固性癫痫、运动障碍病（帕金森病）等诊治。我科拥有国外进口LEKSELL立体定向设备，用于治疗癫痫和帕金森病两类最常见的功能神经外科疾病。
三叉神经痛、面肌痉挛和舌咽神经痛的微创诊治。耳后小切口微血管减压治疗三叉神经痛、面肌痉挛、舌咽神经痛数千例，技术水平达到国内领先水平。
神经内镜手术：如脑积水的三脑室底部造瘘、脑室内囊肿造瘘及切除、脑室内小肿瘤的切除，神经内镜下脑室内血肿清除术、各类型复杂脑积水等。
脊柱脊髓疾病的外科治疗：颈、胸、腰、骶等椎管内肿瘤的显微手术切除并固定，以及脊髓栓系、脊膜膨出的手术治疗等。
颅内及脊髓的先天性畸形的治疗，包括脑积水、硬膜下积液、枕大孔区畸形和脊髓空洞等。
立体定向脑病变活检术，用于颅内疑难病灶的定性诊治。
颅脑损伤的手术及综合治疗。
技术特色：
难治性癫痫的外科综合治疗技术；
三叉神经痛、面肌痉挛的微血管减压根治技术；
神经内镜技术（三脑室底造瘘术、颅内囊肿造瘘术）；
立体定向微创活检技术；
DBS及VNS置入术。
学科地位：
国家神经系统疾病临床研究中心暨首都医科大学附属北京天坛医院神经系统疾病专科联盟成员单位、国家卫计委推广颅内血肿微创清除术临床医院、山东省疼痛医学会神经损伤专业委员会主任委员单位、山东省神经外科质量控制中心委员单位、山东省微创神经外科科技创新联盟成员单位和济宁市医学会神经创伤与重症专业委员会主任委员单位。
济宁医学院附属医院神经外科现为山东省临床重点专科，山东省“十二•五”重点学科。其中，神经外科脑肿瘤病区致力于发展成为以颅内肿瘤外科诊治为特色，医、教、研为一体的综合性现代化科室。科室在各类颅内肿瘤的手术治疗、神经内镜下经鼻垂体瘤微创切除手术、复杂颅底肿瘤手术以及各类重型颅脑损伤救治方面等具有独到造诣。科室具备德国STORZ高清神经内镜系统、德国BRAINLAB手术导航系统、ZEISS/LEICA高端手术显微镜、术中神经电生理监测等尖端设备。在临床与科研方面，与齐鲁医院、北京协和医院、天坛医院等多家国内顶级医院密切合作。神经外科脑肿瘤病区全体医护人员始终以崇高的职业道德、精湛的医疗服务水平和优质的服务态度为每一位患者提供满意服务。
业务范围：
神经内镜下经鼻入路手术治疗垂体腺瘤、颅咽管瘤等鞍区肿瘤。我院神经外科自1988年始开展经鼻蝶入路垂体瘤显微切除术，2008年始开展神经内镜下经鼻蝶入路垂体瘤等鞍区肿瘤切除术。该手术方式具有微创、住院时间短、费用低、疗效好等优点。
颅内各类肿瘤的手术治疗及综合规范化系统诊疗：包括脑胶质瘤、脑膜瘤、颅底肿瘤、垂体瘤、听神经瘤、胆脂瘤、颅咽管瘤等的规范化综合诊疗。
颅骨缺损修补手术、脑积水分流手术、颅内囊肿造瘘术、颅脑损伤及脑出血的急诊手术治疗等其他神经外科常见及疑难疾病的外科治疗。
技术特色：
神经内镜下经鼻入路垂体瘤、颅咽管瘤等鞍区肿瘤显微切除术；
各类颅内肿瘤的显微手术治疗与规范化综合治疗；
颅脑损伤、脑出血等急诊患者的救治等。
学术地位：
山东省临床重点专科，山东省“十二•五”重点学科。
教学科研：
目前科室已承担济宁医学院研究生教学、实习带教工作以及住院医师规范化培训以及全科医生培训工作。
济宁医学院附属医院神经外科是山东省成立最早（1980年）的神经外科之一，是山东省临床重点专科，济宁市医药卫生重点学科，是留学生及硕士研究生学位授权点和培养基地，是博士后科研工作站单位，具有国家神经外科GCP资质。科室设置床位189张，包括神经外科脑肿瘤病区、神经外科脑血管病区、神经外科功能与神经脊柱脊髓病区、神经外科重症监护室（NICU），科室还拥有山东省干细胞与神经肿瘤学重点实验室（山东省级医药卫生重点实验室）、济宁医学院神经肿瘤学重点实验室和神经外科显微手术训练室。现有医护人员100余名，其中教授、主任医师9名，副主任医师10名；具有博士学位7人，研究生导师5人，博士后导师1名。科室专业技术力量雄厚，每年完成各类显微手术和神经介入栓塞手术3000余台。
多年来，科室狠抓内涵建设，通过积极推行单病种、DRG、DIP付费、临床路径管理、实施学科建设攀登计划等一系列先进的管理措施和手段，保障了医疗质量和安全，受到社会和广大患者的好评。由此，科室多次被中华医学会、中国医师协会等邀请，在南宁、南昌、贵阳、青岛等地介绍临床路径工作经验。2021年8月26日，神经外科整体搬迁至太白湖院区，科室以此为契机，以亚专科建设为载体，分设四个病区，并建立了脑肿瘤、垂体瘤；脑血管病手术、神经介入；癫痫及神经脊柱脊髓、三叉神经痛及面肌痉挛和神经重症等7个医疗主诊组，实行科主任领导下的主诊医师负责制的医疗运营模式，各项医疗质量指标进一步提升，取得了较好成效。
科室在做好临床工作的同时，积极探索疾病的病因、治疗、康复机制及规律，现有专职科研人员3名。近年来，科室获省级、厅（局）级科技进步奖20多项。目前承担10多项国家省市级科研课题。在Neuroscience、中华医学杂志、中华神经外科杂志等国内外高质量期刊上发表学术论文100多篇。科室定期召开学术会议，承担外省市、省内周边地区及十二县市区神经外科医师进修、会诊任务，承担援疆、对口支援等政治任务。作为山东省临床重点专科，科室历经四十年的建设与发展，已建立起人才梯队合理、亚专科齐全、技术水平过硬的优秀临床科研教学团队，在省内尤其在鲁西南地区处于领先地位，发挥引领和辐射作用。
神经外科脑血管病区分设脑血管病手术、神经介入两个主诊医疗组，在治疗颅内动脉瘤、烟雾病、脑脊髓血管畸形、硬脑膜动静脉瘘(DAVF)、颅内外动静脉狭窄/闭塞、颅内动静脉急性血栓形成、脑梗死、脑出血、颅脑损伤、外伤性颈动脉海绵窦瘘、外伤性鼻出血和富血供神经系统肿瘤等疾病的综合诊治等方面已形成了专科特色，拥有丰富的临床经验和先进的专业技术水平。
业务范围：
颅内动脉瘤的显微手术夹闭及介入栓塞治疗，脑血管畸形、硬脑膜动静脉瘘、颈动脉海绵窦瘘、富血供神经肿瘤的外科手术、介入栓塞和复合手术治疗。
缺血性脑血管病（烟雾病、颅内外动静脉狭窄/闭塞、颅内动静脉急性血栓形成、脑梗死等），神经介入治疗包括：闭塞开通、支架植入、球囊扩张、导管或支架取栓、微导管接触溶栓及复合手术等，外科治疗包括：颅内外血管搭桥、脑-硬脑膜-动脉血管融通术、颞肌贴敷术、硬膜翻转术及多点钻孔等颅内外联合血管重建术等。
颈动脉狭窄/闭塞的颈动脉内膜剥脱术、颈动脉支架、复合手术开通治疗。
急性颅内中、大血管闭塞的导管和支架取栓，以及外科切开颅内血管取栓治疗。
脑出血的综合治疗：脑出血钻孔微创治疗、脑出血内镜手术治疗、超早期显微小骨窗外科手术，开颅清除血肿、大骨瓣减压手术，超早期康复治疗等。
颅脑损伤的综合治疗：包括手术治疗、颅内压监护、药物治疗、亚低温治疗、电刺激治疗等。
脑积水、慢性硬膜下血肿（介入栓塞联合微创钻孔复合手术）等综合治疗。
颅内动静脉血管的狭窄/闭塞、血栓形成、脑梗死、脑动脉硬化等内外科综合治疗。
技术特色：
动脉瘤的开颅夹闭、介入栓塞及复合手术技术。
烟雾病的外科综合诊疗技术。
血管畸形的外科手术、介入栓塞及复合手术技术，颅内富血供肿瘤的微创栓塞和复合手术技术。
颈动脉狭窄/闭塞的内膜剥脱（CEA手术）、支架植入及复合手术开通技术。
急性脑梗死、急性颅内中、大血管闭塞的导管和支架取栓，以及外科切开颅内血管取栓治疗技术。急性大面积脑梗死的急症血管重建等内外科综合救治技术。
颅内外血管狭窄/闭塞的支架植入、球囊扩张、微创介入开通及复合手术开通技技术。
脑出血、脑外伤的急诊绿色通道救治，外伤性颈动脉海绵窦瘘、外伤性致命性鼻出血的介入栓塞和复合手术治疗技术。慢性硬膜下血肿的介入栓塞联合微创钻孔复合手术技术。
颅内静脉狭窄和静脉窦血栓形成的微创介入治疗技术。
与心内科、心外科协作开展心脑血管疾病的“一站式”心脑同治手术技术。
与神经内科协作开展“一站式”出血性和缺血性脑脊髓血管疾病的联合会诊、查房、门诊、手术。
学科地位：
国家神经系统疾病临床研究中心暨首都医科大学附属北京天坛医院神经系统疾病专科联盟成员单位、国家卫计委推广颅内血肿微创清除术临床医院、山东省疼痛医学会神经损伤专业委员会主任委员单位、山东省神经外科质量控制中心委员单位、山东省微创神经外科科技创新联盟成员单位和济宁市医学会神经创伤与重症专业委员会主任委员单位。