济宁医学院附属医院感染内科，自成立以来，主要承担发热疾病的鉴别诊断、腹泻疾病的鉴别诊断、病毒性肝炎的诊断及治疗、抗菌素的合理应用、免疫缺陷患者继发感染、各种细菌、真菌和病毒性疾病的诊疗、院内感染的诊疗等工作。同时指导人禽流感等新发突发传染病的救治，并进行感染性疾病的防控工作与科学研究，科室整体实力强，特色突出。

济宁医学院附属医院作为省属综合性“三级甲等医院”，担负着鲁西南地区2000多万人民群众医疗救治服务，近5年年均门诊诊疗达 200万人次。2009年甲型H1N1流感肆虐之际，我院就诊发热病人门诊量达3万人次。近3年来科室购进先进的空气净化离子消毒、负压病房设备及微生物实验室设备，现已开展肺组织病原学检查、突发重症感染抢救等多项新技术。