济宁医学院附属医院病理科始建于1978年，是鲁西南地区建立较早且学科发展迅速的科室之一，2015年率先在鲁西南成立分子病理实验室，2016年组建病理中心。目前已发展为集常规、细胞、分子、数字化管理为一体的综合性省级三甲医院临床病理中心，在山东省病理学科的诊断、科研和教学方面位居前列，是山东省首批临床重点专科(2012年)、山东省病理质量控制先进单位、国家级临床病理住院医师规范化培训基地、省级执业变更培训基地。现有工作人员72人，其中诊断人员35人，技术人员30人，辅助人员7人，其中主任医师5人，主任技师2人，副主任医师4人，副主任技师2人，主治医师16人，硕士生导师8人，具有博士学位人员7人，省部级以上人才称号2人，担任国家级及省级学会副主委2人、常委及委员数人。科室本部和太白湖院区同质发展，病理技术工作自动化程度高，先进的病理信息管理系统保证标本从接收到报告发出整个过程实施信息化管理，手术标本病理申请单电子化，临床科室电脑工作站及时即可看到结果，方便快捷，更加便于科室的质量控制和管理。年活检标本量9万余例，细胞学标本5万多例，分子遗传病理学检查1万余例，在省内乃至国内全面运用各种分子生物学技术检测肿瘤靶向基因、药物基因、病原微生物、遗传诊断等相关基因检测项目以更好地服务临床和患者。科室致力于病理亚专科建设，已建立了淋巴血液、中枢神经系统及细胞学等多个肿瘤病理亚专科。疑难病理会诊逐年增加，覆盖以鲁西南为主的十几个省市区。近5年获各级科研课题30余项，其中国家级课题6项，以第一作者/通信作者发表SCI收录论文和中华系列论著50余篇。科室重视研究生培养，多名已毕业研究生获得省级或校级优秀研究生荣誉称号。