济南市儿童医院小儿外科为医院重点发展专业，诊治所有6个月内小儿外科疾病，在“把工作做成作品，把服务融入人心”理念支撑下，国内较早开展新生儿微创手术，微创治疗成为科室特色和品牌。科室现有医师8人，其中主任医师一人，副主任医师一人，主治医师3人，住院医师3人，其中博士生2人。

科室目前开放床位26张，配备腹腔镜、结肠镜、肛管直肠测压仪、心电监护仪等先进设备。借助新生儿转运网络，省内外很多疑难危重新生儿得到及时救治。

主要诊治病种：胆道闭锁、先天性食管闭锁、先天性巨结肠、先天性胆总管囊肿、先天性肛门闭锁、先天性肠闭锁及肠狭窄、先天性肥厚性幽门狭窄、十二指肠梗阻（先天性肠旋转不良、环状胰腺、十二指肠隔膜等）、美克尔憩室、肠重复畸形、肠系膜囊肿、大网膜囊肿、腹裂、脐膨出、急性肠套叠、急性阑尾炎、腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾、鳃裂瘘、甲状舌管囊肿等。其中先天性食管闭锁、胆道闭锁、先天性膈疝手术量居全国较高水平。

近年来，先后完成了4项重大科研课题，著书5部，发表专业学术论文30余篇。