消化科是儿童医院最早成立的科室，重新独立开科于2011年，由独立病区、门诊及消化内镜中心三部分组成。目前开放床位57张，专科门诊全年开放，每周二、四、六全天进行胃肠镜诊疗。现有专业技术人员35人；医疗人员15人，高级职称7人，博士1人，硕士研究生13人，是一支梯队合理、技术精湛、团结协作的医疗队伍，目前已在儿童胃肠疾病、肝病、营养性疾病及消化内镜诊疗等领域形成规范成熟的诊疗体系，系卫生部医政司内镜诊疗技术专家组成员、全国儿科消化内镜医学协作组委员、中华医学会儿科分会消化学组委员、省内感染消化学组主任委员单位，儿童消化联盟成员单位。目前年门诊量三万余人次，出入院近2500人次。科室拥有独立的消化内镜中心：设置2个胃镜检查室，1个肠镜检查室，胃肠动力监测室，胶囊内镜室，以及相匹配的洗消室及储镜室，同时还设置动物实验室，为新技术的训练提供场所。内镜室除基本配备胃肠镜及主机，还配备麻醉机，超声内镜，爱尔博电刀以及磁控胶囊内镜系统等设备。诊疗系统之外，还在会议室设置转播设备，可实现视频教学、远程会诊等外延业务。主要诊治疾病：包括儿童消化系统疾病的诊治、营养支持治疗及内镜诊疗1、胃肠疾病：各种原因腹泻、腹痛、急慢性胃炎、便秘、食管炎、消化性溃疡、消化道出血、胃食管反流、消化道狭窄、胃肠息肉、炎症性肠病、腹型过敏性紫癜、幽门螺杆菌感染及嗜酸细胞性胃肠炎、食物蛋白相关性结肠炎等过敏性胃肠疾病2、肝胆胰疾病：巨细胞病毒肝炎、胆囊炎、胆汁淤积性肝炎、代谢性肝病、肝豆状核变性、各种肝病及急慢性胰腺炎3、内镜诊治：经内镜镜诊治各种胃肠病、消化道出血，内镜下异物取出术、置鼻空肠管、结肠息肉内镜下高频电凝息肉摘除及经内镜止血、食管狭窄扩张、切开治疗以及内镜下逆行胰胆管造影（ERCP）、内镜下逆行阑尾冲洗术（ERAT）等治疗。特色技术和项目：科室拥有儿童专用消化内镜，是国内首批开展儿童胃镜及无痛胃肠镜的医疗单位，解除了患儿检查的痛苦及恐惧。可以为新生儿进行胃肠镜诊疗；在内镜检查的基础上逐渐开展了各种诊疗项目，如无痛胃镜取异物技术，结肠镜下息肉摘除术，非静脉曲张消化道出血，内镜下逆行阑尾冲洗术（ERAT）、内镜下置空肠管等。其中，对各种原因的造成的食管狭窄性球囊扩张、切开等介入治疗水平，居国内领先。随着病人的增多，治疗需求量升高，上消化道狭窄的病人日益增多，随后为更好的评估病情，开展了超声内镜技术，治疗也在不断改进重，经内镜药物注射的使用，延缓疤痕形成，减少治疗次数；贲门失弛缓病人可以使用经口内镜下食管括约肌切开术（POEM）治疗，基本可以一次解决问题；通过内镜黏膜下剥离术（ESD）技术可以治疗胃重复畸形、异位胰腺等疾患；肠内营养技术可协助治疗炎症性肠病、慢性腹泻、急慢性胰腺炎等消化系统疾病，并可应用于消化道手术后的患儿，为其提供更为科学和经济的营养方案，避免营养不良的发生。超声引导下无痛肝穿刺安全快速准确，为多种儿童肝脏疾病提供了准确的诊断依据。新引入的磁控胶囊内镜更是为小肠疾患提供了直观的影像资料，同时通过对胶囊的控制可以完成胃镜的检查，避免了部分患儿的插管胃镜。24小时PH监测及食管阻抗-PH联合监测系统金标准诊治胃食管反流病。目前拥有科研专利——秦莲灌肠液治疗婴幼儿秋季腹泻，疗效独特。小儿迁延性、慢性腹泻病与嗜酸粒细胞阳离子蛋白关系的研究，为更多腹泻的患儿查找病因。