厦门大学附属中山医院呼吸内科是集医疗、教学、科研及预防为一体的福建省临床重点专科，国家呼吸系统临床医学研究中心的分中心，博士后工作站。诊治疾病范围覆盖所有的呼吸系统疾病。拥有呼吸重症、呼吸介入、胸膜疾病、肺血管、肺癌、间质性肺疾病、慢性气道疾病及变态反应疾病、感染性疾病和睡眠疾病九个亚专科。是“国家住院医师规范化培训基地”、“国家药物与器械试验基地”、“中国呼吸道感染优化治疗协作组”和“全国肺栓塞防治协作组”成员单位。医护105人，其中国务院特殊津贴1人，硕士研究生导师4人，博士9人，高级职称18人，护理团队高级职称5人。开放床位107张。呼吸重症监护病房12张床位、睡眠呼吸暂停监测中心5间监测室、呼吸内镜手术室3间、肺功能检查室2间和呼吸实验室3间；开设包括：支气管哮喘、戒烟、肺部肿瘤、变态反应、间质性肺疾病等多个专病门诊，年门诊量8万余次，年出院病人5000余人次。最早拥有厦门大学及福建医科大学呼吸内科研究生培养基地，承担厦门大学国内班及国际班、福建医科大学和厦门医学院的临床理论大课、见习、实习及规培等教学任务。完成多项国家、省、市科研项目和多项国际性药物临床研究及科研合作项目。每年举办国家级、省级、市级会议。在SCI、全国性杂志上共发表数百篇高质量论文，出版专著多册。成立“钟南山院士工作室”，与广州呼吸疾病健康研究院院士团队进行临床、亚专科，科研全面合作。长期与厦门市临床检验中心合作，开展肺部感染性疾病的微生物及呼吸道病原菌分布及耐药机制的临床及基础研究。在胸膜腔疾病领域上成绩突出，是中华医学会呼吸分会胸膜学组委员及全省胸膜腔疾病学组组长所在的单位，参与我国第一部胸腔积液指南的制定，出版我国第一部胸膜疾病专著。在国内率先开展肠道菌群移植治疗重症难治性哮喘和慢阻肺。与厦大信息学院合作，进行呼吸系统医疗大数据研究，在慢阻肺早期干预治疗、呼吸介入、人工智能和三维导航技术等领域的研究处于国内先进水平。是本地区慢阻肺GOLD指南规范治疗的指导牵头单位。引进耶格肺功能检查系统，开展包括体描、运动检查及呼吸末CO2检测等的全套肺功能项目检测。长期以来主导牵头了闽西南地区疑难病例讨论，成为省内呼吸系统疑难病诊治中心。开展所有最高难度的四级支气管镜及胸腔镜介入诊疗技术，包括硬质气管镜下冷冻肺活检，球囊扩张、支气管肿瘤激光消融术，支架置入、支气管瘘封堵术，经纤支镜超声小探头肺活检术、经超声支气管镜纵隔淋巴结针吸活检及全肺灌洗；尤其是支气管哮喘热成型术，慢阻肺肺减容术在省内处于领先水平。并开展内科胸腔镜和硬质胸腔镜技术，提高了胸膜疾病的诊治水平，对于难治性气胸及肺大疱介入治疗、化脓性胸膜炎镜下治疗及粘连松解术、胸膜活检术及胸膜固定术的诊治处于全国领先水平；开展肺肿瘤消融技术，每年举办国家级肺肿瘤消融治疗技术培训班；开展多学科MDT指导下的肿瘤分子靶向治疗，免疫治疗，化疗，粒子植入，消融，并联合放疗和手术的肺肿瘤综合治疗呼吸重症监护病房是闽西南地区最具规模、最先进的的呼吸重症监护病房之一，是广州呼吸病研究院重症医学科的合作单位。配套设施先进、齐全，设有中央监护台、医生办公室、药物治疗室、支气管镜洗消室及设备仪器室等；拥有各种不同的高端进口有创、无创呼吸机和监护仪、血液净化仪以及其他配套设施如支气管镜、床旁彩超机、排痰仪等，开展各种气道廓清、呼吸治疗以及各种机械通气模式，结合持续血滤（CRRT）对危重症患者进行液体管理,达到多脏器支持。在国内率先提出呼吸亚ICU概念，并首先实施“呼吸重症＋呼吸亚重症＋呼吸病房”一体化的救治模式。较早提出以护士主导的呼吸康复及治疗，在小气道气道廓清、机械通气下呼吸训练、困难脱机等方面取得了良好的效果，提出从重症到居家的呼吸康复模式，促进重症患者早期康复。