福建医科大学附属第二医院耳鼻咽喉科1966年成立。目前拥有鲤城、东海两个病区，现有床位82张；年均门诊量8万余人次，年均住院人数3500余人，年住院手术量2700余台权威现有医护人员59名(医师25人护士34人)，其中主任医师8人，副主任医师7人，主治医师3人，住院医师7人；副主任护师2人，主管护师4人，护士28人。具有硕士学历16人，在读专业型博士1人。耳鼻喉科教研室现有成员19名，其中教授1人，副教授7人；硕士研究生导师7人。

耳鼻咽喉科拥有手术导航系统、科医人CO2激光机、电子鼻咽喉镜、动态喉镜及嗓音分析系统、手术显微镜、耳、鼻内镜系统、低温等离子射频消融系统、耳鼻颌面动力系统、临床听力及前庭功能检测设备、面神经监护仪等先进设备。医术先后担任福建医大预防医学、临床医学本科、泉州医高专及泉州特教班等的理论大课及临床见、实习带教工作。

1998年获硕士研究生学位点，2010年获福建省首批住院医师规范化培训基地，2015年通过国家级住院医师规范化培训基地认定，每年招收培养硕士研究生3-5人，每年招收省内住培学员3-4人，培训基层进修医师2-3人。

科室以头颈外科为特色，耳科、鼻科、咽喉科协同发展，现综合实力位于省内领先水平。开展的游离前臂皮瓣、股前外侧皮瓣、腓骨瓣、上臂外侧皮瓣、耳廓复合组织瓣、胫后皮瓣等在头颈肿瘤术后重建中的应用，成为省内可开展此项技术的少数科室之一。开展的声门型喉癌“抽屉”式切除及钛板辅助下喉功能重建术属国内领先水平。

耳科开展以“听功能重建”为目的的精细化耳显微外科手术。鼻科拥有高新仪器设备，对鼻眼和鼻颅相关疾病开展各种精准手术。咽喉科以微创及功能保全性手术为主要治疗手段。先后多人获得10余项省医药卫生科技进步奖及省科技进步奖。

承担省自然基金、省教育卫生联合攻关项目、省厅、福建医科大学教授基金、地市多项科研课题，其中有多个科研项目通过省科技成果鉴定。享受国务院特殊津贴1人，多人、多次获得多项福建省政府、卫生厅及泉州市政府科技进步二、三等奖。

历经60余年发展，科室始终坚持以“医疗为根本，教学为中心，科研为先导”方针，全面推进学科建设与发展，努力保持泉州市领头羊、省内一流，力争国内先进水平。