福建医科大学附属第二医院眼科作为百年老院福建医科大学附属二院（前身为惠世医院）的优势科室，是福建省建立较早，规模较大，实力较强的眼科之一。

科室设于1955年5月（当时眼科、耳鼻喉科和口腔科合并在五官科内），1963年眼科业务独立分科，当时床位共19张，但行政编制在五官科内，直到1991年，眼科独立编制，当时床位共28张，后逐步扩张病床数，2019年7月眼科住院部正式从鲤城旧院搬迁至东海新院，至此鲤城和东海均设立门急诊，而病房设立在东海院区栋良楼8楼59区。

科室现拥有普通病床42张，年门诊3万余人次，住院3千余人次，治愈好转率达95%以上，患者来自闽东南地区及川鄂赣，香港、台湾、菲律宾、印尼、马来西亚等国家和地区。擅长于各种屈光疾病，青光眼，眼底，角膜，斜视弱视，泪器，眼外伤和眼部整形手术，其中白内障、青光眼、眼底病及角膜病等的诊治处于国内先进水平。

拥有AlconInfiniti和Centurion超声乳化仪、constellation超乳玻切一体机，Zeiss三镜头显微镜，眼电生理仪，OcTous全自动视野仪，非接触眼压计，验光仪，角膜曲率测量仪，A/B超声诊断仪，免散瞳眼底照相机，欧堡免散瞳超广角激光扫描检眼镜和海德堡血流OCT等国内领先的各项设备。科室技术力量雄厚，人才济济，现有医护人员38人，医生现有23人，其中教授、主任医师6人，副教授、副主任医师2人，主治医师7人，博士3人，在读博士3人，硕士12人。

眼科学博士生导师1人，硕士生导师4人，专科技术员6人；护士现有15人，其中主管护师以上5人。科室不仅是三甲医院眼科及福建医大第二临床医学院眼科教研室，也是视觉中国第一行动眼科医师的培训基地和眼科临床医学硕士点，科室每年招收来自全国各地的硕士生，并担负培养本科生和进修生的重任。

科研工作成绩斐然，每年发表论文数十篇，先后获省部级科技进步奖2项，卫生厅及地市奖项4项；积极参加学术交流，每年派人参加国内国际学术会议，并选医生前往香港、美国等地深造。