福建医科大学附属第二医院儿科创建于二十世纪70年代。经过近50年的艰苦创业，现已成为集临床、科研、教学为一体的重要学科，是福建省第一批国家级住院医师规范化培训基地，为泉州地区唯一儿科硕士生培训基地。

儿科两院区床位110张，东海鲤城两院区均设置NICU及普儿病区。拥有临床经验丰富、高学历、基础扎实的医师队伍，医护人员大多数经过国家儿童专科医院专业技术培训，经验丰富、技术熟练，可以熟练进行儿科各项重症抢救技术，技术上值得信赖。

儿科拥有先进医疗设备，成功抢救各种危重症患儿，有丰富的新生儿重症呼吸系统管理经验，开展新生儿整合脑电图监测及视频脑电监测、PICC脐血管留置等治疗，为儿科重症病人提供良好的生命支持。

开展早产儿出院后随访、脑损伤早期干预、营养性疾病诊断及干预；血液灌注抢救中毒患儿；开展小儿肾穿检查，成功抢救难治性肾病、肾功衰竭患儿；开展小儿气管镜的检查及治疗，并应用于新生儿重症胎粪吸入；儿童保健及小儿内分泌开展性早熟治疗、智力测评、感觉统合训练，对儿童性早熟及生长发育障碍治疗取得良好临床效果，东海门诊将开展儿童语言及运动康复中心，为语言及运动发育障碍的患儿提供帮助。

近年来获得国家自然基金、省级自然基金项目多项，逐步把儿科发展成一个技术力量强、专业齐全、设备完整、有技术、有科研的专业综合科室