赣州市第五人民医院感染科是赣州市传染病诊疗质量控制中心挂靠单位、赣州市艾滋病区域医疗中心，是赣州地区三级甲等医院中最早成立、规模最大的感染病专科，2022年获GCP（药物临床试验）资质。开放床位110张，感染科拥有一支责任心强，医疗技术精湛，医德医风高尚的高素质队伍，现有专业技术人员28有，其中医生9人，护理人员19人，高级职称3人，中级职称8人。设有感染病门诊、爱心门诊、个案管理室、心理室、康复室。

感染科是赣州市传染病诊疗质量控制中心、赣州市艾滋病区域医疗中心挂靠单位，赣州地区三级甲等医院中最早成立、规模最大的感染病专科。先后荣获赣州市“青年文明号”“巾帼文明岗”“优秀医生团队”“优秀质量控制中心”等荣誉称号。设有艾滋病、急性传染病、细菌真菌感染、不明原因发热(FUO)、性传播疾病、抗菌药物合理应用等亚专科。聘请江西省医学会传染病分会前任主任委员张伦理教授定期坐诊、查房。

诊疗范围覆盖HIV感染者全生命周期管理，HIV病毒暴露后预防(PEP)，艾滋病合并机会性感染诊治，艾滋病合并机会性肿瘤化学治疗，艾滋病中西医结合治疗，成人及儿童肺结核及肺外结核诊治，新型冠状病毒肺炎、水痘、流行性腮腺炎、麻珍、登革热、疟疾、流行性出血热、恙虫病等各种急性传染病诊治，非结核分枝杆菌、奴卡菌、鹦鹉热、马尔尼菲蓝状菌等少见病原体感染诊治，尖锐湿疣、梅毒等性病的诊治，各种病毒、细菌、真菌感染及不明原因发热等各种疾病的诊治，中枢神经系统感染、败血症、脓毒血症等感染病重症患者的救治，各种慢性疾病的康复治疗等。现有医务人员28人(其中，高级职称3人)，开放床位110张。