赣南医学院第三附属医院泌尿外科是医院特色品牌专科及医学院重点扶持科室，为赣南地区最早全面开展泌尿微创治疗的科室之一。

科室设备先进，现有奥林巴斯输尿管软镜、美国史赛克数码高清电视腹腔镜、英国佳乐超脉冲等离子前列腺电切镜、德国狼牌系列输尿管肾镜、膀胱镜等全套进口泌尿腔镜、德国钬激光碎石机、超声弹道碎石机、气压弹道碎石及体外冲击波碎石等完善的碎石系统。

科室技术领先，常规开展泌尿外科微创与开放诊疗技术，达到三级甲等医院水平。除开展常规手术外，以各类复杂微创手术为特色，输尿管软镜碎石、经皮肾镜取石及前列腺等离子电切、复杂的尿路狭窄等微创治疗，达到国内先进水平。