南昌市第三医院儿科成立于1917年，与三院同龄，拥有百余年历史。随着近年来妇幼学科群的建立，科室规模不断壮大，技术力量逐渐增强，已发展成为一院两区的新格局，儿内科在朝阳院区设有床位45张，抚河院区设有床位32张。

经过多年的不懈努力，成为医院临床重点学科、南昌市名科、南昌地区儿童甲型H1N1和手足口病重症患儿定点救治科室，国家级儿科医师规范化培训基地，小儿重症省级临床重点专科及江西省省级危重新生儿救治中心，同时也是江西省儿童医疗联盟成员单位。小儿呼吸专业、神经内科专业、肾内科专业为江西省医学省市共建学科，小儿呼吸专业是国家药物临床试验基地，科室以小儿呼吸、重症感染为主体，小儿肾内、神经、消化、变态反应（过敏）、小儿传染病为重点打造特色。

儿科现拥有儿童呼吸机、除颤仪、儿童视频脑电图机、微波治疗仪、呼出气一氧化氮检测仪、心电监护仪等先进设备。

科室独立开展的新技术项目有儿童肺功能、呼出气一氧化氮、儿童视频脑电图、多导睡眠监测等。

为优化服务流程，更好的为广大患儿服务，儿科推出门诊“一站式”服务，将挂号缴费、专家门诊、儿科门诊、儿科急诊、隔离门诊、儿科输液、雾化等治疗及健康教育等服务集中到一起，实现一站式门诊配套服务。儿科住院部拥有温馨单人间、优质双人间及三人间病房，中央空调，24小时热水，每个房间都有单独沐浴间、电视，在充满童趣的病区单元，海洋世界、绿色森林等童话的病房让小患者们忘记生病住院的“恐惧”。