南昌大学第二附属医院病理科始建于1961年，经过50多年的建设和发展已成为省内一流的集诊断、教学、科研为一体的综合性科室。现拥有恒温冷冻切片机、全自动双缸脱水机、石蜡包埋机、全自动免疫组化染色机、液基细胞制片仪、十人共享多头显微镜、荧光显微镜等先进设备。科室拥有布局合理，流程规范、管理现代化的空间600余平方米。设有病理诊断室、高级医生阅片室、取材室、制片室、免疫组化室、分子病理室、细胞穿刺室、资料室、会议室等。截止2016年10月，科室现有医务人员22人，其中诊断医生12人，主任医师5人，副主任医师1人，主治医师4人，住院医师2人；技术人员9人，其中副主任技师1人，主管技师1人，技师5人，技士2人；主管护师1人。拥有博士学位的3人，硕士学位7人。病理科现任科主任：李里香；副主任：刘繁荣。科室目前开展的工作包括常规病理诊断、术中冰冻切片诊断、特殊染色、免疫组织化学染色、原位杂交、FISH检测、薄层液基制片脱落细胞学诊断、体表肿物穿刺细胞学病理诊断以及院外病理切片会诊等。随着新技术的开发和应用，科室逐渐建立病理形态－免疫组化－分子病理技术相结合的综合诊断平台，年工作总量超过4万余例。科室目前有博士研究生导师1人，硕士研究生导师6人，是省内病理学专业硕士研究生导师最多的单位。已培养硕士研究生30余人，在读7人。作为省内首批临床病理学专业规范化培训基地，科室目前在培训临床病理学专业硕士研究生4人。自1985年开始为基层医院培养病理科医生，并协助基层医院组件病理科，目前为止总计培养了基层医院病理科医生40余人。2006-2016年期间，科室承担国家、省、厅级科研项目40余项，其中国家级课题3项，科研经费合计300余万元（含医院配套经费）；发表核心期刊及以上文章100余篇，其中SCI文章10余篇。