中山大学附属第五医院胃肠外科，为广东省重点学科和广东省住院医生规范化培训基地。目前医生16人，拥有博士学位的5人，拥有硕士学位11人(其中1位博士在读)，硕士研究生导师4人，博士研究生导师1人。本专科擅长胃肠胰腺良恶性疾病、肛肠疾病以及痔瘘疝阑尾等疾病的传统和腹腔镜微创手术，保持着该领域先进水平。目前已发展成为一个集医疗服务、教学、科研为一体，有广泛学术影响的临床科室和研究团队。本专科设有胃肠胰腺专科、中西医结合肛肠专科、腹壁疝专科、糖尿病及减肥手术专科、造口及慢性伤口护理专科。胃肠胰腺专科：诊治疾病包括胃癌、结肠癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤、神经内分泌肿瘤、腹膜后肿瘤、十二指肠癌、消化道淋巴瘤、各种胃肠道良性肿瘤、消化道大出血、急腹症、消化道瘘、消化性溃疡并发症、贲门失弛缓症、十二指肠及肠系膜上动脉压迫综合征、成人先天性巨结肠、短肠综合征、炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克罗恩病等）等，及微创手术治疗。中西医结合肛肠专科：诊治的疾病包括痔、复杂性肛瘘、肛裂、肛周疾病（肛周皮肤病、肛门瘙痒、肛周肿物）、顽固性便秘、各种肛门畸形（包括先天性和后天手术、外伤所致）、肛门失禁、肛门疼痛等，及微创手术治疗。腹壁疝专科：擅长腹股沟疝、切口疝、造口旁疝及各类腹壁疾患的治疗，尤其是腹腔镜微创手术。糖尿病及减肥手术专科：难治性Ⅱ型糖尿病及肥胖症的微创外科手术治疗。造口及慢性伤口护理专科：胃肠各种类型造口的手术及术后护理。