皖南医学院弋矶山医院眼科成立于1977年，是国家住院医师规范化培训基地、安徽省眼科专科联盟（皖南片）专科联盟主席单位、上海第九人民医院集团眼科（眼眶病眼肿瘤）专科联盟单位，硕士学位授予权学科。

科室开放床位47张，拥有一支技术精湛、医德优良的医疗团队。其中教授1人，主任医师7人，副教授3人，副主任医师6名，硕士生导师5人，博士3人，硕士10人。

科室配备白内障超声乳化仪、准分子激光治疗仪、玻璃体切割机、蔡氏及莱卡手术显微镜、眼科前后段激光治疗仪、干眼激光仪、多媒体弱视治疗系统、荧光造影设备、全自动视野计、角膜内皮镜、眼科专用AB超、UBM、OCT、干眼检查仪等现代眼科诊断和治疗仪器。设有眼底病、白内障、眼眶病及眼整形、青光眼、角膜病、屈光及斜弱视等亚专科。

科室常规开展白内障超声乳化术、玻璃体切割和视网膜复位术、准分子激光近视眼治疗术、各种复杂青光眼的诊治、羊膜移植术、眼眶肿瘤及眼部整形术、斜视弱视矫治术、复杂眼外伤的手术、YAG激光治疗前节眼病、氩激光治疗眼底病、泪道激光术等技术。玻璃体切割术、准分子激光治疗近视、眼底病变的诊断和激光治疗、斜视弱视矫治及干眼的诊治、白内障超声乳化等技术达到省内领先水平。

近年来，科室聚焦复杂性玻璃体视网膜疾病以及眼眶疾病等难治性眼病，深化临床研究和成果转化。获国家自然科学基金1项，安徽省自然科学基金1项，省厅级课题6项，校级课题4项。获发明专利20余项。发表学术论文120余篇，其中SCI论文30余篇。科室多次进入中国医院科技量值全国百强，2018-2022年五年中国医院科技量值，排名全国第98名。