皖南医学院弋矶山医院小儿外科成立于2014年，是是皖南地区最早单独成立的儿童外科专业科室。现开放床位39张，有医师13人，护士14人，其中主任医师1人、副主任医师2人，主治医师5人，住院医师5人。硕士研究生导师2人，博士1人，硕士11人(含在读硕士1人)。现科室已有包括小儿普外（新生儿外）、小儿泌尿、小儿骨科等三个亚专业治疗组，主要承担小儿外科常见及重大复杂疾病的相关临床医疗、科研和教学。

为满足不同层次患者的需求，此科室开设有小儿外科知名专家门诊、小儿外科专家门诊、小儿骨科专家门诊、小儿外科普通门诊，新开设小儿腹股沟疝、小儿泌尿生殖专病门诊，全年实现门诊量近2万人次，年手术量近2000人次。

小儿普外特色诊疗项目包括：腹股沟斜疝、急性阑尾炎、美克尔憩室、急性肠套叠、先天性巨结肠、先天性胆总管囊肿、膈疝的微创治疗，新生儿消化道畸形（消化道闭锁、重复畸形）、肛门直肠畸形、实体瘤如神经纤维瘤、神经母细胞瘤、畸胎瘤；小儿泌尿特色治疗包括：包茎及包皮过长、隐匿阴茎、鞘膜积液、各型尿道下裂、隐睾、膀胱输尿管返流，泌尿系结石，UPJO的治疗；小儿骨科特色治疗包括：儿童四肢复杂创伤骨折的诊断及治疗；儿童发育性髋关节脱位、马蹄内翻足等各种先天性及后天性肢体畸形的矫正治疗，各种儿童步态异常的评估及矫正，各种骨病后遗症、儿童股骨头坏死、脑瘫后遗症、多并指（趾）及肌性斜颈的诊断及治疗，全方位多领域的精准治疗，为保障江城百姓乃至皖南地区儿童的健康贡献自己的力量。

近年来科室对小儿外科常见疾病如腹股沟疝及隐睾进行了总结，并在前沿领域如小儿肝母细胞瘤的发病机制进行了深入的研究，获批安徽省教育厅高校科研重点项目、安徽省教育厅中青年教师培养行动项目、芜湖市科技计划项目、皖南医学院科研基金及弋矶山医院人才引进基金、临床三新项目等基金项目资助，发表高质量SCI论文20篇，最高影响因子高达6.244，核心期刊发表医学论文20余篇，在小儿外科专业领域颇具影响。