皖南医学院弋矶山医院中医科成立于1973年，由我国首届国医大师、首批国家级名老中医、新安医学研究奠基人、首批享受国务院政府特殊津贴的李济仁教授创立。1981年成为国务院首批批准具有硕士学位授予权的全国七个《内经》专业硕士点之一，至今已为国家培养了硕士研究生四十余名。全国著名中医本草文献学家尚志钧教授长期在中医内科工作。中医科现有专职医、教、研人员13人，其中主任医师、教授1人，副主任医师4人，主治医师5人，医师3人，博士后合作导师1人，博士导师1人，博士学历2人，硕士学历7人，全国第六批老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人，全国第七批老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人，安徽省名中医1人。中医科为中医综合性科室，多年来积极开展对风湿痹病、肿瘤、妇科疾病、消化系统、泌尿系统、呼吸系统、内分泌系统等多种疑难杂病及中老年病、脑血管疾病的后续治疗等。发挥中医优势，开展针灸、针刀、耳穴、中药离子导入、中药熏蒸等多种中医药特色疗法。开设中医专业组5个，建立中西医结合风湿、中西医结合消化道肿瘤等联合门诊，建立了完善的中西医协同机制和多学科会诊体系。“中医专病—风湿病”连续获批为安徽省“十二五”“十三五”中医重点专科专病建设项目，2012年“中医痹病学”获批国家中医药管理局重点学科，2013年为中国中医科学院博士后科研合作单位。2018年获得全国综合医院中医药示范单位称号。本科室是皖南地区新安医学传承的核心机构，拥有国家非物质文化遗产“张一贴内科”第14、15代嫡系传人。学派传人仝小林于2019年当选中国科学院院士。2016年国医大师李济仁家庭因其优良的家风家训，培养出了5个杰出的子女当选为“首届全国文明家庭”，李艳教授做为家庭代表出席了表彰大会，并受到了习近平总书记的亲切握手接见。同年李济仁教授当选为“2016全国十大最美医生”“安徽省十大最美人物”，其家规家训：大医精诚，传家有道被中纪委网站收录并宣传。2012年以来，累计培养国医大师学术传承人5名，出站博士后1名，全国名老中医药专家学术经验传承人2名，省名中医传承师带徒3名，硕士研究生24名；主持、承担各类课题14项，其中包括国家自然科学基金项目3项，省市级科研项目9项。获得各类科研及建设经费459万元。经验方写入指南1项，申报发明专利3项，编写著作25部，发表论文200余篇，其中SCI收载60余篇。主持获得2011年安徽省人民政府科技进步奖三等奖、2019年安徽省人民政府科技进步奖二等奖、2019年安徽省人民政府科技进步奖三等奖、2018年安徽省人民政府科技进步奖二等奖、2017年安徽省中医药管理局科学技术奖三等奖、2015年皖南医学院科学技术奖三等奖。