皖南医学院弋矶山医院胃肠外科分为胃肠外科(一)、胃肠外科（二）。胃肠外科(一)简介皖南医学院弋矶山医院胃肠外科(一病区)组建于2003年，是国家临床重点专科，安徽省“十三五”临床重点专科，皖南普外科临床、教学、科研中心。现开放床位49张，有医师16人，护士15人，其中教授1人、主任医师5人、副教授4人、副主任医师10人，硕士研究生导师5人，博士5人、硕士13人。科室拥有胃肠镜、腹腔热灌注治疗仪器等先进设备。以胃肠道肿瘤的微创精准治疗、代谢综合征、复杂疝及肛肠疾病的外科微创治疗为特色，常规开展全腹腔镜下胃肠道肿瘤根治术、腹腔镜下垂直（袖状）胃切除术/胃旁路手术、食管裂孔疝造口旁疝等的腔镜治疗，完全腹腔镜下胃肠道肿瘤根治中的反穿刺技术达到国内领先水平。坚特“以科研、教学为核心带动临床”的发展理念，努力提高基础与临床水平，近五年，此科室承担了安徽省科技厅、教育厅、卫生厅多项科研及教学课题，其中国家自然科学基金两项，省教育厅项目重点项目九项，省科技厅重点项目两项，发表SCI及中文核心学术论文50余篇。坚持“以教学为重心”，努力构建严瑾求实的教学氛围，承担着在校本科生、硕士研究生、住培学员、进修生的教学、科研任务。胃肠外科（二）简介胃肠外科（二）建于2003年，是国家临床重点专科、安徽省“十三五”临床重点专科、皖南医学院重点学科、国家硕士学位授予点、国家住院医师规范化培训基地、国家普外科专业化培训基地，是安徽省及皖南地区临床、教学、科研中心。目前科室床位50张，在职医师15人，主任医师6人，副主任医师2人，主治医师5人，住院医师2人。其中教授3人、副教授4人，硕士研究生导师3人。硕士研究生及以上学历超过70%，其中博士3人，安徽省中、青年跨世纪学术和技术带头人2人，获省政府特殊津贴1人，多人次在安徽省外科医师协会和安徽省抗癌协会中担任主任委员和副主任委员。科室主要收治消化系统肿瘤和腹部外科、减重代谢疾病等其他疾病，是以胃肛肠外科、减重代谢手术和腹壁疝外科为主体的特色专科。常规开展胃癌、结直肠癌、腹股沟疝和其他各种复杂疝的微创手术，在省内较早开展了经肛直肠良恶性肿瘤切除术、微创下消化道重建手术、微创下原位脾门淋巴结清扫术、微创下侧方淋巴结清扫术、微创下超低位保留肛门手术、微创下经自然腔道标本取出结直肠癌根治术（NOSES）、微创下袖状胃切除手术（减重手术）、腹腔镜下食道裂孔疝和造口旁疝等复杂疝的修补手术。同时，科室还开展了痔、复杂肛瘘、顽固性便秘的个体化治疗，并在普外科其他疑难疾病如胰腺肿瘤、腹膜后肿瘤等疾病的诊治方面在省内处于领先水平。每年开展1500余台各类手术。坚特“以科研、教学为核心带动临床”的发展理念，科室先后获得国家自然科学基金、安徽省自然科学基金、安徽省科技攻关项目和安徽省教育厅重大项目等多项基金，获安徽省科学技术奖(自然科学类)三等奖3项，发表相关SCI论文50余篇。科室不仅承担皖南医学院临床医学系、麻醉系等各专业本科教学任务，而且作为国家硕士学位授予点、国家住院医师规范化培训基地、国家普外科专业化培训基地，科室还承担普外科专业性硕士、中央财政招录住培学员和皖南地区县市级医院外科医师进修培训工作，每年科室毕业的专业性硕士10余位。