衢州市中医医院针灸科是浙江省中医药重点学科，是国家级非物质文化遗产“杨继洲针灸”传承保护基地，国家中医针灸临床研究中心成员单位，国家级青年文明号，浙江省中医名科，浙江省针灸专科联盟成员，浙江省针灸学会疼痛专业委员会主委单位，衢州市品牌学科，衢州市高峰学科，衢州市第四批重点创新团队，衢州市针灸推拿中心，衢州市针灸学会挂靠单位。针灸科处于独立的杨继洲针灸推拿楼，该建筑面积约1800平米，门诊有诊疗室16间，治疗床位60张，住院床位66张；设有国家级名中医、岐黄学者方剑乔专家工作站、国家级非物质文化遗产“杨继洲针灸”传承人金瑛工作室、第六批浙江省职工高技能人才创新工作室；拥有多种专业设备，如生物信息反馈红外治疗仪，红外光灸疗仪，多功能损伤治疗仪，微波治疗仪，智能温热电动间隙牵引（第三代）、超声治疗仪、多功能艾灸治疗仪、中药熏蒸仪、体外冲击波等多种现代医学技术仪器。针灸科团队现有医护33名，其中医师25名，康复治疗师1名，护士9名，学科带头人1名，学科发展主任1名，高级职称13名，博士1名，硕士研究生11名，国家级非物质文化遗产传承人1名，省级劳模1名，硕士研究生导师4名，省151人才1名，市拔尖人才1名，市115人才第一层次1名，市级名中医3名，市级非物质文化遗产传承人2名。针灸科与推拿科、神经内科、康复科合作，立足于临床，并将临床实践与科研教学融为一体，技术力量雄厚，技术特点鲜明。科室在传承杨继洲针灸学术经验的基础上，引进了穴位埋线、腹针、脐针、督脉灸、精灸、百会压灸、小针刀等特色技术。经过多年积累，在针灸治疗面瘫、失眠、耳鸣耳聋、头痛、眩晕、胃痛、妇科、中风后遗症以及颈肩腰腿痛方面形成了完善的诊疗方案。