苍南县人民医院消化内科创建于2005年，是县重点学科，温州市重点专科，李兆申院士工作站，目前正在进行区域医疗中心建设，争取通过3年的发展，专病中心服务能力达到温州地区三甲医院消化病学平均水平，辐射范围扩大至浙南闽北地区。目前病区设置床位52张，15名医务人员承担病房、门诊、消化内镜的诊疗任务及教学、科研任务。

内镜中心目前拥有国内先进的奥林巴斯290主机及胃肠镜、大探头超声内镜，长期与上海长海医院、杭州市第一人医院、温州市中心医院合作，常规开展胃肠镜检查、大探头及小探头超声内镜检查，内镜下食管胃底静脉曲张破裂硬化剂治疗，溃疡出血内镜止血，内镜下内痔的套扎及硬化剂注射治疗、内镜下胃肠道息肉摘除及早期肿瘤的粘膜下剥离术、十二指肠镜的胆胰取石及支架置入，消化道恶性肿瘤的金属支架置入及HP检查鉴定耐药培养及根治等，在胃肠道、肝胆脾胰的治疗、根治综合治疗等专科领域形成特色。