新生儿科成立于1988年，系国家首批围产新生儿医学专科医师培训基地和中非围产新生儿医学专科医师培训基地，中国医师协会新生儿科医师分会副会长和浙江省医师协会新生儿科医师分会会长单位，浙江省医学重点学科和支撑学科，浙江省危重新生儿救治中心，浙江省首批新生儿保健特色专科建设单位，系硕士、博士授予点和博士后工作站，国家级巾帼文明岗。

现有医护人员150余人，专科医师42人，其中高级职称10人，博士学位11人；博士生导师1人，硕士生导师5人。核心成员曾在日本宫崎大学围产医学中心，美国西北大学、纽约西奈山医学中心、费城儿童医院，加拿大不列颠哥伦比亚省立儿童医院以及德国、英国等国外知名医疗机构深造。开设四个病区，开放床位120余张，拥有国内一流设施的新生儿重症监护病房、早产儿监护病房和新生儿特殊监护病房。

新生儿科在危重新生儿救治及早产儿管理方面，位列全国前列。2002年国内最早之一开展亚低温疗法治疗新生儿缺氧缺血性脑病、脑脊液储存器置入入治疗新生儿脑积水、一氧化氮吸入治疗肺动脉高压。2003年在省内率先开展危重新生儿转运，辐射范围达浙南、浙中、闽东地区。2014年联合多学科成立新生儿随访干预门诊为高危儿出院后健康成长保驾护航。学科与产科、新生儿外科、心胸外科、脑外科、眼科、耳鼻喉科、影像科、麻醉科等联合开展胎儿医学、先天结构畸形的诊断与治疗。2019年省内率先开展先天性颈部畸胎瘤压迫气道行产时子宫外处理（EXIT），先天性气管狭窄行硬镜下球囊扩张气管成形术等。护理方面开展新生儿吞咽功能障碍训练等新技术。

据2023年中国新生儿协作网数据，我院出生小于25周早产儿存活率位居全国第四；胎龄26-27周和28-29周早产儿存活率分别达到93%和97%，均位居全国第一。