杭州市萧山区中医院内科是医院的骨干科室，拥有多个专业的门诊科室及内科病房。门诊开设有肿瘤专科、血液病专科、老年病专科、心内科、呼吸内科、内分泌科、肾内科、消化内科、神经内科。技术力量全院最为雄厚，有主任医师3名，副主任医师10名，目前病区开放床位45张。

内科是一个不断发展的科室，十分注重学习国外先进经验，紧跟国内医学发展步伐，积极与名医名院联手。肾内科每年选送优秀人才去全国中医肾脏病诊疗中心之一的杭州市中医院肾内科进修学习，把中西医结合治疗肾脏病作为立科之本，取得了良好的成效；消化科始终与省内著名医院保持紧密联系，邀请浙一、浙二、省中医院等专家来院会诊。

内分泌科与浙一医院内分泌科合作，由省内知名专家童钟杭教授定期指导查房、门诊，并先后派2名医生到浙一内分泌科进修学习。

神经内科与国家神经内科培训中心——白求恩第一临床医学院建立了合作关系，不定期选派医师到那里进修。