新生儿科成立于1982年，是首批市级重点专科、扬州市新生儿救治中心、南京市儿童医院新生儿急救网络协作单位、国家级“巾帼文明岗”。科室现有医护人员44人，其中医生19人、护士25人。现有博士1人、硕士研究生8人、研究生导师3人。设新生儿重症监护病房（NICU）、早产儿病房、高危儿病房、新生儿隔离病房、疫苗接种室、摄片室、B超室、听力筛查室、眼底筛查室、先天性心脏病筛查室等。共有床位56张，其中NICU病床16张，是扬州及周边地区规模最大的新生儿科，年收治新生儿约2000人次。常规开展常频及高频呼吸机辅助通气治疗、N0吸入治疗、亚低温治疗、换血治疗、微创法肺表面活性物质应用、外周介入中心导管（PICC）及脐血管置管全静脉营养、胸腔闭式引流、脑功能监护、新生儿手术前后监护等项目。