江南大学附属医院肿瘤科和内科、外科、妇产科和儿科一样，是临床医学的二级学科，分为肿瘤内科、肿瘤放射治疗科和肿瘤外科等，肿瘤内科主要从事各种良、恶性肿瘤的内科治疗；肿瘤放射治疗科主要从事肿瘤的放射线治疗；肿瘤外科提供以手术为主的综合治疗。
专门的肿瘤医院的相关科室会根据不同部位再行细分，例如肿瘤内科里的胃肠肿瘤科、淋巴瘤肿瘤科；肿瘤外科有乳腺外科、头颈外科、胸外科、肿瘤妇科、腹部外科等。