南通市妇幼保健院儿外科是南通市重点建设专科，南通市医学创新团队，拥有专业技术人员15人，其中医生团队有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师2名，住院医师2名。

儿外科由小儿普通外科、小儿泌尿外科、小儿矫形外科及新生儿外科等专业组成完整的专业体系，专业划分精细，充分体现出专科专业的特色。主要治疗0-18周岁儿童外科疾病，包括先天畸形，发育异常，小儿肿瘤，外科感染及创伤等。科室有4名成员在国家级学术团体任职，2人在学术杂志担任编委。科室发表SCI及中文期刊论文30余篇，引进省市级医疗新技术近10项，开展各级科研项目6余项，开展国家级继续教育项近2项。

新生儿外科、微创外科、矫形外科是科室的特色专业，也是科室的重点发展方向。科室引进无瘢痕手术技术（Scarless surgery），无血外科技术（Bloodless surgery technique）， 微创手术技术（Minimally invasive surgery），腹腔镜手术技术（Laparoscopic surgery）等特色技术，适应小儿特别是新生儿组织器官娇嫩，发育尚未成熟的特点，获得良好效果。