胃肠外科创建于1974年，现为南通市医学重点学科、南通市临床重点专科。科室共有医师19人，其中高级职称12人、博士4人、硕士研究生导师4人、市青年医学重点人才3人。硕士学历以上人员达90%以上，拥有南通市“226高层次人才培养工程”培养对象2人，南通市医学重点人才1人。

近年来科室参与国家城市癌症早诊早治项目，承担胃癌、结直肠癌的早诊早治工作。科室成立胃肠肿瘤多学科诊疗(MDT)团队多年，复杂病例常规经MDT团队讨论，为患者制定合理治疗方案。近年来科室完成多项科研课题，目前承担多个省、市级科研项目，承担南通大学外科学及肿瘤学教学任务，每年在SCI系列期刊、中华系列期刊及省级核心期刊发表论文多篇。

全科医护人员以精湛的医术、热情的服务态度、良好的医疗护理质量竭诚为广大患者服务，力求每位患者早日康复。