南通市第三人民医院消化科现有医师17人，其中高级职称11人，是南通市医学重点学科、临床重点专科。科室内镜诊治中心拥有最先进的日本进口系列电子胃肠镜、超细胃镜、放大内镜、超声内镜、胶囊内镜、小肠镜及全套辅助治疗设备。除常规检查外，在市内较早开展了各种内镜下治疗，如早期胃癌、食管癌、大肠癌内镜下局部切除术、各种病因引起的食管贲门狭窄及术后吻合口狭窄的扩张治疗、放置食管支架、复杂食管、胃异物取出、胃肠道息肉内镜下摘除、消化道早癌ESD治疗、POEM（经口内镜食管扩约肌切开术）治疗贲门失迟缓症等，在省市内较早开展了ERCP（经内镜逆行性胰胆管造影）及内镜下胆总管取石和超声内镜项目。此外，科室在慢性肝病、肝硬化门脉高压、黄疸的鉴别和治疗、胆胰疾病内镜诊治、胃肠早期肿瘤微创治疗、胰腺癌基础研究、炎症性肠病等方面尤为见长。另外，胃食管静脉曲张治疗作为特色技术项目，吸引了南通及周边地区众多患者前来就诊，由于诊疗效果显着也承担起了多家兄弟医院该项目的进修培训任务。近年来，科室对自身免疫性肝炎、非酒精性脂肪肝的基础和临床研究已取得初步成果，并列为国自然基金、省卫健委、市科技局社会发展计划项目。