南通大学附属医院呼吸内科，是集呼吸系统疾病的治疗、教学、科研为一体的临床科室。2009年被评为江苏省省级临床重点专科。设有呼吸与危重症医学科病房，呼吸重症监护病房、肺功能室、电子纤维支气管镜室、睡眠呼吸监测病房、呼吸病学实验研究室。有教授、主任医师3人，副教授、副主任医师6人，主治医师5。有博士生导师1人，硕士生导师4人，每年培养硕士研究生十余人，每年发表SCI论文十余篇。专科特色呼吸与危重症医学科病房每年收住2000余位住院病人，住院收治肺炎、支气管扩张、慢性阻塞性肺疾病、肺部恶性肿瘤、支气管哮喘、气胸、胸腔积液等常见疾病，对肺血管疾病及肺间质性疾病等呼吸系统的疑难病、少见病亦积累了丰富的临床经验。常规开展有创/无创机械通气治疗，在呼吸衰竭的机械通气治疗方面积累了许多成功的经验，成功挽救了许多危重病患者的生命。气管镜室拥有先进的PENTAX电子超声支气管镜、普通型、治疗型、超细型及便携式支气管镜。开展电子纤维支气管镜常规诊断及多项镜下介入治疗，包括高频电凝、电切、圈套、氩气刀、冷冻、高压球囊扩张、支气管支架置入、支气管肺泡灌洗、EBUS-TBNA等，每年支气管镜室接收检查及治疗人数达一千人左右。常规开展CT/超声引导下经皮肺/胸膜活检等临床操作，使许多疑难病例得到确诊。常规开展肺功能检查及呼出气一氧化氮检测。拥有世界最先进的多导睡眠监测系统，可以准确诊断病人的睡眠疾病，如鼾症、睡眠呼吸暂停综合征等，为广大睡眠疾病患者提供有效的诊断及治疗。学科优势呼吸与危重症医学科在肺栓塞、肺癌、气管镜及镜下介入治疗、哮喘、睡眠疾病等临床、实验研究方面取得较多成果。获得国自然项目一项、国家青年基金项目一项，省六大人才高峰项目多项。江苏省333高峰人才项目、南通市226高层次人才培养项目及南通市科技局社会发展项目多项。获江苏省卫计委新技术引进奖一等奖、二等奖多项，获得南通市科技进步奖十余项。