南通大学附属医院消化内科，是国务院首批批准的硕士学位授权点，2014年成为南通大学首批博士学位授权点，江苏省首批临床重点专科。设有独立病区、消化内镜中心和消化病研究室。共有医护员工76名，其中医生28名，主任医师11名，副主任医师8名，其中博士生导师2名，硕士研究生导师11名，教授4名，副教授10名，博士8名，硕士20名。专科特色临床具有特色的诊疗项目有：1.肝癌早期定性诊断：先后建立了γ-GTⅡ及肝癌特异性AFP等肝癌血清标志物检测法，还开展了异常凝血酶原检测。肝癌定性诊断处于国内领先水平。2.消化道出血的内镜下治疗，包括贲门黏膜撕裂、食管胃底静脉曲张破裂大出血、血管畸形出血等；年治疗人数100多人次，成功率达95%以上。3.消化道肿瘤的内镜下诊断及消化道早期肿瘤及癌前病变的EMR及ESD治疗。4.胆胰管疾病的内镜下治疗，包括ERCP、EST、ENBD等。5.消化道狭窄的扩张支架治疗。6.超声内镜诊疗技术，包括黏膜下病变的超声内镜诊断、超声内镜引导下细针穿刺活检及超声内镜引导下的溶瘤病毒肿瘤内注射等技术。7.胶囊内镜技术，诊治各种小肠疾病。8.炎症性肠病及胃食管反流病的中西医结合治疗。9.贲门失驰缓症内镜下治疗（POEM）。10.B超引导下肝脓肿及肝囊肿穿刺治疗。11.经皮胃镜下胃造瘘术：治疗经口进食困难的多种疾病。学科优势消化内镜中心拥有目前最先进的Olympus290内镜系统、PENTAX纵轴彩色多普勒超声内镜、数字化X线机以及ERBE氩气刀等。常规开展胃肠镜、无痛胃肠镜、胶囊内镜、食管胃底静脉曲张大出血内镜下治疗、内镜下逆行胰胆管造影、乳头括约肌切开取石、胆胰管支架植入术、超声内镜诊断及超声内镜引导下介入治疗、内镜下黏膜切除术（EMR）及黏膜下层剥离术（ESD）、经口内镜下肌切开术（POEM）等多项技术。目前已成为苏中地区消化系疑难病的诊治中心。消化病研究室有细胞室、生化室、免疫室等。“十二五”期间，全科获国家自然科学基金6项、省部级项目13项、市厅级项目15项。获科研经费700余万元。获省、市、厅级科技成果奖8项，发表论文150余篇，其中SCI收录65篇，中华级论文10篇，参与编写学术专著4部，获国家发明专利1项，国家实用新型专利3项。