一、胃肠外科：
昆山市一院胃肠外科创建于2008年，目前是集医疗、教学、科研为一体的苏州市临床重点专（学）科。由昆山市名医、外科首席医师吴晓阳主任领衔组建。
全科设有病床40张，现有各级医师9人，其中主任医师2人，教授1人，博导1人，副主任医师2人，主治医师2人，住院医师3人。其中博士1人，硕士学历8人。省级临床营养专科护士1名。
胃肠外科常规开展各种胃肠道手术，包括：胃癌根治术、结直肠癌根治术。开展一些大型复杂手术，如：联合脏器切除术等。
科室在肿瘤微创手术等方面形成特色，其中包括腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下结直肠癌根治术，微创腹腔镜疝修补术等。
目前，科室贯彻一切以病人为中心为宗旨，以“精准治疗、多科协助、肿瘤微创、快速康复”为主要理念，在省内率先开展胃肠肿瘤多科协作诊疗（MDT），开展”无痛病房”，力推加速康复外科（ERAS）。现阶段正在牵头昆山地区胃、肠癌的临床研究，努力减少本市胃、肠癌发生率；组成胃肠癌早筛联盟，开展并指导昆山地区胃肠癌早筛活动。
此外，我科长期与上海中山医院、上海肿瘤医院、上海瑞金医院等保持密切合作。科室承担多项国自然、省市级科研项目，多次获得省市科技进步奖。作为国家级住培专科基地及临床学院专业基地胃肠外科承担主要外科住培及院校教学工作。
二、肝胆外科：
我院普外科室成立于1952年，经过几代人的不懈努力下，目前普外科成为一个高度发展、高技术水平的集医教研一体的重点科室。现为昆山市重点科室、苏州市重点专科、苏州市重点学科、省普通外科重点专科科室。目前肝胆外科人员：主任医师4名、副主任医师5名、主治医师4名、住院医师7名；博士1名、硕士10名、在读博士2名、在读硕士2名。
肝胆外科在王大路、陆士华等老一辈传承下，在勇于创新、锐意进取的医学强将——陈健主任医师带领下，在刘瑞文科主任及诸多业务骨干的共同努力下，肝胆外科以其开拓“细化、精化、优化”的先进技术风格，在江苏医学领域独树一帜。
自1996年4月开展腹腔镜胆囊切除术，目前累计开展胆囊切除10000余例，并发症发生率0.1%，低于美国的0.5％（1998年）和国内平均水平的0.32%(1997年)。
目前常规开展腹腔镜技术：肝癌的段、叶、半肝切除手术；复杂肝内胆管结石的肝叶肝段切除术；ROU-X-en-Y胆肠吻合；胆道探查胆道镜碎石取石手术；脾脏切除及部分脾脏切除术；外伤性脾修补；巨脾切除食道胃底周围静脉离断术；肝囊肿开窗术；腹腔镜阑尾切除术；胃癌肠癌根治术；各类腹壁疝修补术腹部外伤的腔镜诊断；胰腺体尾部良恶性肿瘤手术等技术发展成熟。
每年施行的肝脏肿瘤左、右半肝及肝段切除30余例、肝门胆管癌根治术、胆囊癌根治30余例、胰十二指肠切除术6－10例，血吸虫性巨脾切除门奇断流10余例。均达到三级医院水平。
科研项目有：“胆囊癌中P63、P73与PTEN基因的表达及其临床意义”“腹腔镜术后恶心、呕吐病因”“PLGF反义寡核苷酸治疗消化系统恶性肿瘤”“胆道内静脉曲张的诊断和处理”“昆山地区阑尾炎、胆囊炎和胆管炎等病原菌构成及耐药性分析”“姜黄素的抗癌作用机制及应用策略研究”获省科技奖；苏州重点病重“ERAS在双镜联合治疗胆道结石的应用”等。
近三年引进新技术、新项目：改良胰十二指肠切除术，复杂肝癌切除包括第八段切除、微创外科开展腹腔镜先天性胆总管囊肿手术、腹腔镜胰腺体尾部肿瘤手术治疗、腹腔镜巨脾切除食道胃底静脉断流术。腹腔镜部分脾脏切除术；腹腔镜下自脱式胆道支架应用；肝癌的微波消融技术，术中超声精确定位；肝癌早筛门诊。
准备引进肝癌等肿瘤多种物理和化学治疗手段包括肝癌介入治疗、冷冻治疗。计算机3D成像技术；达芬奇机器人；腹腔镜荧光显示技术，结合腹腔镜和超声内镜诊疗技术等等。
三、肛肠外科：
肛肠外科，始建于2002年，已形成集医疗、教学和科研于一体、有显著专科特色的临床学科。
科室设有门诊、病区。目前开放床位40张，医生10人，护士11人，其中主任医师2人，副主任医师6人，主治医师1名，住院医师1人，其中硕士4人。
年门诊量20000人、住院人次1800人，手术量1500台。科内配有超声引导下痔动脉缝扎治疗仪，肛瘘激光治疗仪，微波治疗仪，结肠水疗仪，电子乙状结肠镜。常规开展：结、直肠癌根治术（含腹腔镜），极限保肛术，各类痔病、肛周脓肿、肛瘘及肛裂的微创治疗。新技术有：直肠痔上粘膜吻合器环切钉合术（PPH），开环式痔上粘膜吻合器环切钉合术（TST），超声引导下痔血管缝扎+悬吊术（DG-HAL），内痔套扎术（RPH），内痔硬化剂注射治疗术，括约肌间瘘管结扎术（LIFT）等。
科室于2013年被昆山市卫生局批准为昆山市重点学科（肛肠）。2011年被苏州市卫生局批准为苏州市级重点专科（普外），2015年通过苏州市级重点专科复评。
科室有国家级专业委员会理事7名，江苏省级专业委员会常务委员1名，苏州市专业副主任委员1名，《中国肛肠网》杂志编委1名。近五年，科室完成课题5项，国家级、省级杂志发表学术论文30余篇，国家专利8项。获昆山市科技进步三等奖1项，昆山市新技术一等奖1项、鼓励奖4项。举办江苏省中西医结合学会肛肠学术年会1次，苏州市继续教育项目8次。
科室重视人才培养，先后3人上海长海医院、2人上海新华医院、5人江苏省中医院进修学习。1人法国法国第12大学附属孟德尔医院及巴黎南方中心医院留学，1人英国圣马克医院访问学习。肛肠外科始终坚持“以病人为中心”的服务理念，践行“精、勤、亲、进”的医院精神，弘扬“专业、细致、关怀”的科室文化。以建立无痛病房、加速康复外科、科教研全面发展为目标。传承国医、中西合璧。作为昆山医学会肛肠外科组长单位，责无旁贷地以引领昆山肛肠专业发展方向为己任，精益求精，实现医疗技术精细化，医疗服务整体化，更高质量服务昆山人民。
四、血管外科：
随着医学的飞速发展，学科的不断细化，治疗手段的持续改进，新技术、新方法的引入，血管外科成为普通外科最为重要的科室之一，是外科和其他各专业学科的基础。我院血管外科是以血管腔内微创介入治疗和开放手术为特色的专业团队，目前已完成大量血管腔内微创介入治疗和开放手术，技术及规模处于江苏同级地区领先水平。
血管外科侧重于血管疾病的微创腔内介入治疗和开放手术，不断在微创外科领域形成专业优势。目前已开展手术包括：主动脉夹层腔内隔绝术、胸腹主动脉瘤腔内隔绝术、颈动脉斑块伴狭窄的颈动脉血管球囊扩张支架置入术、颅内动脉瘤栓塞术、锁骨下动脉狭窄闭塞行血管成形术/支架置入术、主髂动脉闭塞行血管成形术/支架置入术、深静脉血栓行下腔静脉滤器植入+导管溶栓术、下腔静脉滤器取出术、髂静脉狭窄球囊扩张支架置入术、下肢动脉血栓的置管溶栓术、下肢动脉硬化闭塞的血管成形术/支架置入术、糖尿病足的微创介入治疗、下肢静脉曲张微创手术治疗等。
我院血管外科与复旦大学附属中山医院、南京鼓楼医院等开展专科联盟，科室开展的手术难度和手术规模在全省同级医院遥遥领先。血管外科综合实力强，形成了人才结构合理、学历层次高、富有发展潜力的人才梯队，是一个技术精湛、服务优良、设备完善、管理规范的专科，竭力为病人提供优质、安全、高效的医疗服务。
五、甲乳外科：
甲乳外科，始建于2008年，经过几代人的努力，已形成一个集医疗、教学和科研于一体的有显著专科特色的临床学科。
科室设有门诊、病区。目前开放床位22张，医生人数9人，护士人数15人，其中正主任医师1人，副主任医师4人，硕士7人。先后6人往上海长海医院、上海肿瘤医院、上海瑞金医院、江苏省人民医院进修学习。
专科业务量：年门诊量达40000余人次、年出院2000余人次，手术量1800余例。科内配有麦默通乳腺微创旋切活检系统、快速冰冻病理检查、铂锐乳腺导管内视镜、美国进口数字式乳腺钼钯机、巴德活检穿刺针等先进的诊疗设备。开展乳腺癌新辅助治疗，甲状腺癌根治术、颈淋巴结清扫术、乳腺癌改良根治术、前哨淋巴结活检术、乳腺癌保乳术、原发性及继发性甲状旁腺功能亢进手术等核心技术。
科室于2014年被昆山市卫生局批准为昆山市重点学科。2012年和肝胆外科、胃肠外科、肛肠外科等普通外科科室被苏州市卫生局批准为苏州市级重点专科。2015年通过苏州市级重点专科复评。2020年通过江苏省重点专科评审。
近五年发表SCI论文一篇，中华级和统计源论文十余篇，国家级、省级杂志发表学术论文数十篇，获昆山市医学新技术项目鼓励奖一项。
科室有江苏大学讲师4人，培养7名研究生，在职博士生1名。2013年立项昆山市科技计划项目《碘营养状况与甲状腺疾病的关系及干预措施》，多年来负责带教江苏大学等实习生的理论及临床实践工作。多次参与、举办苏州市医学会普外科、甲乳外科年会。2016年申请立项了两项课题，分别为昆山市社会发展科技专项：《昆山地区具有遗传倾向乳腺癌家系中BRCA1和BRCA2基因胚系突变的监测》、苏州市科教兴卫青年科技项目：《BRCA1和BRCA2基因突变受检乳腺癌患者身心状况的调查研究》。2018年申请立项两项课题：《微波固化治疗乳腺癌诱导机体肿瘤免疫功能的研究》、《沉默Bcl-3基因可通过阻断akt信号通路抑制乳癌细胞生长的研究》。
六、综合外科：
昆山市第一人民医院友谊外科于2009年成立，是一个集医疗、教学、科研为一体的江苏省临床重点专科、苏州市重点学科。科室拥有一支高素质、高水平的医疗护理队伍。病区现有床位46张，医护人员26人，其中医生13人，护士13人，主任医师3人，副主任医师4人，主治医师5人，其中硕士研究生8人，硕士生导师2人。科室高度重视人才培养和学科发展，与上海中山医院、上海瑞金医院、上海肿瘤医院、江苏省人民医院、苏州大学附属第一医院有着长期的学术交流和人才培养计划。我科是江苏大学普外科学硕士点，长期承担江苏大学研究生及本科生教学任务、江苏省住院医师规范化培训任务及南京医科大学等高等院校的临床教学工作。科室获省级科技进步奖三等奖2项，苏州市级科技进步奖二等奖2项，三等奖1项。目前承担市厅级科研项目2项，昆山市级科研2项，江苏大学科研项目1项。科室拥有大量先进医疗设备，包括进口电子腹腔镜系统、超声刀、能量平台等。
科室以胃肠道良恶性肿瘤为主要病种，包括：胃癌、十二指肠癌、结直肠癌、肛管癌、胃肠间质瘤、胃、十二指肠溃疡，以及需要外科手术治疗的炎性肠病、食道裂空疝、各种腹壁疝，腹腔复杂肿瘤等。
腹腔镜微创手术是科室特色，目前常规开展腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结肠癌根治术、腹腔镜直肠癌根治术以及胰十二指肠切除术。尤其是完全腹腔镜下胃癌根治手术目前达到国内领先水平。超低位直肠癌的保肛率、消化道恶性肿瘤术后治愈率等在省内处于领先地位。科室同时开展各种疝的常规手术和腹腔镜微创手术，其中腹股沟疝纳入日间手术模式，患者在术后24小时内可以出院。骨科组常规开展外伤性骨折、肌腱、神经、血管创伤的诊断、治疗，能熟练完成各种复杂的创伤性骨折的手术以及胸腰椎骨折后路手术，开展关节置换手术。
在围手术管理方面，引入快速康复外科（ERAS）理念，通过全面优化的围手术期处理和治疗方法，采取一系列规范化的措施和疼痛管理方法，大大降低高龄患者大手术的风险，达到术后快速康复的目的。在肿瘤的规范化治疗方面与国际接轨，遵循最前沿的指南规约，友谊外科联合相关科室成立胃肠道肿瘤MDT多学科门诊，对疑难、复杂的胃肠道肿瘤患者进行多学科讨论，最大程度的提高肿瘤患者的生存率，确保每一位肿瘤患者得到合理、规范、有效的综合治疗。